Dans un avenir lointain, longtemps après que le calendrier grégorien ne soit plus utilisé, les humains vivent entassés les uns sur les autres dans un endroit nommé le "Labyrinthe", un monde souterrain. Divisé en de nombreuses colonies, le Labyrinthe est connu pour ses températures extrêmes mais aussi pour ses filons d'or, d'argent et autres richesses. Dans l'une de ces colonies, une fillette de neuf ans nommée Memempu et son père Gagumber montent à bord d'un robot de travail pour miner du minerai. Ils gagnent leur vie en occupant la plus basse profession des ouvriers. Un jour, Memempu demande à son père de la laisser partir pour devenir une marqueuse, une profession similaire à la spéléologie, pour retrouver sa mère qui a quitté la maison. Il s'agit d'un métier dangereux avec taux de survie inférieure à 5% car une mystérieuse créature rôde dans les tunnels. Comme découvrir un monde inconnu est un travail dangereux, les «cartes» ont une grande valeur dans le monde du labyrinthe et sont vendues à des prix élevés sur le marché. Ne pouvait la laisser partir seule, Gagumber décide d'accompagner sa fille. C'est ainsi que le voyage d'un père et de sa fille débute.

Dans un Japon féodal dominé par l'Empire, Van est l'ancien chef d'une unité de guerriers qui s'est rebellée contre l'ordre. Défait et désormais esclave, il travaille à la mine dans de rudes conditions, jusqu'au jour où une horde de loups vient l'attaquer. Dans le combat, il est mordu par l'un d'eux et sa blessure, en plus d'être profonde, s'infecte : il s'évanouit. Au réveil, il découvre que tous les prisonniers qui travaillaient avec lui à la mine sont morts. Seule Yuna, une jeune enfant qu'il décide de prendre sous son aile, semble avoir survécu... Ailleurs, dans d'autres contrées, des attaques similaires se produisent. Il est temps de lever le voile sur ce mystère.

Suzume est une jeune fille de 17 ans qui habite une petite ville tranquille sur l'île de Kyushu, au Japon. Un jour, elle rencontre un vagabond qui lui dit qu'il est à la recherche d'une porte. Curieuse, elle le suit et découvre avec lui, au milieu de ruines, la porte tant convoitée. Celle-ci se tient, presque intacte, au milieu des décombres. Attirée par cette mystérieuse porte, Suzume tend la main et lorsque celle-ci s'ouvre, c'est une multitude de portails qui s'ouvrent avec elle à travers le Japon, causant par la même occasion des catastrophes...