L'histoire débute avec un groupe de jeunes filles possédant un pouvoir nommé 'Alice Dream', qui permet de matérialiser leur imagination. Après avoir été découvertes par un laboratoire, elles sont devenues, contre leur gré, des sujets d'expérience. Sana, une de ces filles, dont son pouvoir inclut la capacité d'ignorer les lois de la physique, réussi à s'échapper. Ensuite, elle rencontre Zouroku, un homme assez âgé qui déteste les perturbations dans sa vie quotidienne.

Le 10 juin 2010 du calendrier impérial, le Nouvel Empire de Britannia a écrasé les forces japonaises et a conquis le pays en moins d'un mois grâce à ses mechas nommés Knightmare. Le Japon a perdu sa liberté et a été renommé Zone 11 tandis que les japonais ont perdu leur identité et sont appelés "Elevens". Ces derniers sont forcés de vivre dans des ghettos tandis que les colons britanniens occupent la majeure partie du territoire. Pourtant, des mouvements rebelles naissent et les nationalistes japonais continuent la lutte pour l'indépendance. Un jeune homme nommé Lelouch s'est juré de détruire l'empire de Britannia depuis que son père, l'empereur lui-même, n'a rien fait pour pourchasser les terroristes qui ont tué sa mère et estropié sa jeune sœur. Sept ans plus tard, lors d'une altercation entre les deux camps, il rencontre un groupe de rebelles Elevens qui ont volé un secret militaire : une mystérieuse jeune fille. En entrant en contact avec elle, Lelouch obtient le Geass, un pouvoir qui lui permet de contrôler la pensée de toutes les personnes qui croisent son regard, mais qui ne fonctionne qu'une seule fois sur chacune d'elles. Grâce à ce pouvoir, Lelouch va pouvoir mener le combats qu'il a toujours voulu contre Brittania et poursuivre ses deux rêves : venger sa mère et créer un monde où sa sœur pourra vivre en paix.

Un étrange champ de force d'origine inconnue s'est dressé autour de Tokyo il y a dix ans. On l'appelle 'la porte des enfers' (Hell's gate). La semaine suivant cette apparition, la police découvre l'existence d'êtres surnaturels : les Contractors, êtres d'apparence humaine possédant des pouvoirs surhumains, et les Dolls, générés par un programme. Pour n'éveiller aucune panique de la part des habitants de Tokyo, une section, la 'quatrième section des Affaires Étrangères', dont fait partie l'agent Kirihara Misaki, s'occupe d'effacer la mémoire de tout habitant entrant en contact avec un Contractor. Une scientifique du nom de Shinoda Chiaki ayant fait une thèse à propos de la porte se retrouve poursuivie par la police qui veut lui effacer la mémoire. Elle rencontre alors Li, un chinois qui vient d'emménager à Tokyo, qui la protège des Contractors et de la police. Cet homme semble lié à un homme mystérieux vouant une haine plus sombre que le noir aux Contractors.

Il y a 10 ans, un tremblement de terre a plongé Tokyo dans le chaos. 70% de la ville a alors été submergée par les eaux. Un collégien de 14 ans, se nommant Ganta Igarashi, s'avère être un survivant de cette terrible catastrophe, mais ne s'en souvient visiblement pas. Un jour comme tous les autres dans la salle de classe du jeune garçon, un homme rouge ayant l'air très énigmatique débarque sans prévenir, et, en arrivant par la fenêtre, il détruit en un rien de temps le lieu, puis tous ceux se trouvant dans celui-ci. A part Ganta, qui, une fois de plus, a survécu. Ce dernier est à présent tout seul... Et comme cela ne suffisait pas, lorsqu'il se réveille dans sa chambre d'hôpital, il se retrouve tout à coup accusé, sans qu'il ne sache pourquoi, et condamné à mort. Lui prétend pourtant n'avoir commis aucun meurtre, cela le bouleverse donc beaucoup, en plus de la perte de tous ses amis. Suite à cela, on finit par emmener Ganta à la prison privée Deadman Wonderland, une prison où les règles se révèlent peu ordinaires, ce qui en fait un endroit assez angoissant. Là-bas, il fera l'étrange rencontre de Shiro, une jeune fille qui a l'air de le connaître depuis longtemps et qui le considère comme un ami. Il découvrira également que depuis la disparition de tous ses proches, il possède un pouvoir inhabituel...

Il y a plusieurs années, une mystérieuse forme de vie nommée Gadoll a presque exterminée l'humanité. Le reste de l'humanité habite désormais dans Deca-dence, une immense forteresse mouvante de 3000 mètres de haut construite pour faire face à la menace des Gadoll. Les habitants de Deca-dence se divisent en deux catégories : les Gears, des guerriers combatstant quotidiennement les Gadoll et les Tankers, des personnes ne possédant pas les compétences pour se mesurer à ces monstres. Un jour, Natsume, une Tankers qui rêve de devenir une Gears, fait la rencontre de Kaburagi, un réparateur d'armure. L'une est une fille positive qui n'abandonne jamais ses rêves et l'autre un homme réaliste qui a abandonné les siens. Cette rencontre fortuite finira par ébranler le futur de ce monde.

Depuis sa plus tendre enfance, Yukito Urabe est obligé de suivre les préceptes anormaux de la secte créée par son père. Il finit même sacrifié par ce dernier pour rendre grâce à Mitama, la déesse ultime ! Alors qu'il sombre dans les ténèbres, il est mystérieusement réincarné dans un nouveau monde. Et quel monde ! Plus de religions et plus de dieux ! Alléluia! Heureux de ce coup du sort, Yukito se croit débarrassé à jamais du divin jusqu'au jour où...

Il y a trois ans, une brèche séparant la planète Terre du monde des morts s'est ouverte en plein milieu de la ville de New York, piégeant ainsi ses habitants et par la même occasion des créatures venant d'autres dimensions dans une bulle impénétrable. Après avoir été détruite et reconstruit la ville de New York est rebaptisée Hellsalem's Lot, où l'ordinaire côtoie l'extraordinaire, et où certains humains peu scrupuleux exploite ces nouvelles capacités pour leur profit. Alors que les humains et démons cohabitent depuis des années dans un monde en proie au chaos et à la folie, un groupe menace de percer la bulle et déverser le chaos d'Hellsalem sur la terre entière. Pour empêcher un tel désastre de se produire, un groupe de surhommes, les mystérieux supers agents de Libra (Klaus Rineberts, la femme loup-garou Frau Jane et le majordome momie Gilbert), sera envoyé pour arrêter cette menace.

Dans le but de sauver son frère et son neveu, qui ont été kidnappés par un mystérieux groupe religieux connu sous le nom de Genuine Love Society, Yukawa Juri et sa famille lancent un sort en utilisant une pierre cachée par son grand-père pour entrer dans le monde où le temps est arrêté : Stasis. Toutefois, alors qu'ils infiltrent la base des kidnappeurs, ils rencontrent d'autres personnes qui peuvent bouger librement dans ce monde parallèle. Avec des créatures grotesques qui rôdent, pourront-ils s'échapper de ce monde parallèle et retourner à leur vie normale ?

Aux États-Unis, il arrive que de rares personnes naissent avec des super pouvoirs et c'est le cas pour Johnny Bolt. Sa vie dans une petite ville tranquille n'est pourtant pas des plus heureuse. Harcelé à l'école, en conflit avec sa mère, ne connaissant pas son vrai père... Il ne rêve que d'une chose... partir et changer de vie. Lorsqu'un soir, ses pouvoirs commencent à se manifester, il s'agit pour lui d'un signe du destin. Il doit devenir un super-héros. Néanmoins, tout ne se déroulent pas toujours comme prévu au départ...

Une gigantesque météorite est entrée en collision avec la Terre. De nombreuses espèces, y compris l'humanité, ont été rayés de la surface de la planète. Le gouvernement japonais, qui avait prévu cette catastrophe, a prit des mesures pour essayer de contrer le pire des scénarios. Le projet "7SEEDS", l'une de ces mesures, comporte cinq groupes de sept jeunes hommes et femmes soigneusement sélectionnés et classés en équipes : printemps, été A, été B, automne et hiver. Chaque participant a ensuite été plongé dans un sommeil cryogénique dans l'espoir de préserver la survie de l'humanité. Lorsque ces hommes et femmes se sont réveillés, ils se sont soudainement retrouvés plongés dans un monde cruel. Bien qu'anéantis par la perte de leurs proches, ils vont commencer à chercher des solutions pour survivre.