L'histoire se déroule dans Romdeau, une ville futuriste abritée sous un dôme, construit pour protéger la communauté de survivants d'un virus qui sévit à l'extérieur. Dans cette cité, les humains et les robots (autoreivs) coexistent paisiblement. Mais une série de meurtres provoqués par des robots contaminés par le virus Cogito commence à semer le désordre dans le fragile équilibre qui régit la société. Au sommet de tout cela, le gouvernement conduit des expériences secrètes sur une mystérieuse forme de vie humanoïde baptisée Proxy, qui semble être la clef d'un grand pouvoir. La série débute avec la fuite d'un Proxy des laboratoires gouvernementaux.

Alors que le monde se couvre peu à peu de neige et de glace, formant une gigantesque 'mer de neige', une partie de l'Humanité survit tant bien que mal grâce aux Tenmaku. Kaina, qui vit plusieurs milliers de kilomètres au-dessus du sol grâce aux Tenmaku, croise un jour Liliha, venue de la mer de neige.

"Koukaku no Regios" se situe dans un monde pollué et dans lequel des créatures appelées "Limbeekoon" terrorisent l'humanité.Un jeune homme se nommant Layfon Alseif s'inscrit en tant qu'étudiant de rang D dans une des villes mobiles isolées (appelée Regios), dans lesquelles se réfugient désormais les hommes, la cité scolaire de Zuellni. Peu après son arrivée, il se fait remarquer en arrêtant un combat entre deux étudiants des Arts Militaires par Nina Antalk, chef de la 17ème Section d'Arts Militaires. Layfon se fait intégrer dans cette section par le Président du Conseil des étudiants Karian Loss.Que va-t-il arriver par la suite? Qui sait? ...

La baleine de glaise est un vaisseau flottant sur la mer de sable depuis des années. La plupart de ses habitants possèdent le Saimia, un pouvoir surnaturel qui les empêchent de vivre aussi longtemps que les humains normaux. Chakuro, un garçon atteint de la maladie d'hypergraphie vit une vie paisible sur ce vaisseau en compagnie de ses amis. Mais ce calme pourrait prendre fin suite à sa rencontre avec une étrange jeune fille: Lycos.

L'histoire prend place dans un Japon alternatif ravagé par une sorte de peste faisant rouiller le corps humain. Afin de sauver son maître mourant, Bisco Akaboshi décide de partir à la recherche du champignon médicinal légendaire nommé Sabikui qui serait un remède contre la rouille. Pendant son voyage, il fait la rencontre de Miro Nekoyanagi, un médecin qui cherche lui aussi un remède pour sauver sa précieuse sœur rongée par la rouille. Ces deux jeunes hommes vont ainsi partir en voyage pour sauver leurs proches.

L'histoire se déroule dans un monde futuriste où les hommes ont définitivement abandonnés la Terre, devenue une boule de glace. La civilisation humaine a perduré dans l'espace, conquérant d'autres régions spatiales. Mais au cours de leurs conquêtes, les humains se sont fait un ennemi redoutable, connu sous le nom de "Hideauze". Pour combattre, les hommes ont formés une alliance galactique. Red est lieutenant dans cette armée. Alors qu'il n'a que 16 ans, il n'a presque toujours connu que les champs de bataille. Lors d'un combat décisif, les humains sont vaincus et Red se retrouve projeté dans une distorsion spatio-temporelle. A son réveil, six mois se sont écoulés. Lui et Chamber, son arme, ont été recueillis par l'équipage du Gargantia, un étrange "navire" parcourant les mers de la planète Terre.

La ville de Lux est en proie à une guerre intestine entre 3 clans : l'Organo, l'Alliance, et le Rakan. Tous luttent pour le contrôle de la rafia (plante servant à la "texhnolyzation"). Ichise, un boxeur et personnage principal de l'histoire, se verra amputer d'un bras et d'une jambe pour avoir désobéi à ses maîtres. Laissé pour mort, il sera "texhnolyzé" (technologie qui remplace les membres perdus en les connectant au système nerveux) par une jeune scientifique. Mais Ichise, ne supportant pas la greffe, s'enfuira... Dans un même temps, un mysterieux individu (Yoshii) arrive en ville et observe ce qu'il s'y passe. Il rencontrera Ran, une fille capable de voir le futur proche. Inexorablement, les routes d'Ichise et Yoshii finiront par se croiser...

L'histoire se déroule dans un monde plongé dans le chaos après la dernière guerre de l'humanité. Une grande forêt, infestée de créatures flamboyantes et d'autres bêtes mortes, recouvre le monde et le reste d'humanité vit dans de petites communautés protégées. A cause d'une arme utilisée durant la dernière guerre, les êtres humains s'enflamment spontanément lorsqu'ils s'approchent d'une source de feu même très faible. La seule source d'énergie sûre restante se trouve dans le corps des créatures flamboyantes. Pour les chasser, un groupe nommé les 'Ramasseurs de Feu' parcourt la forêt à la recherche de ces monstres. Parmi ce groupe, une histoire circule concernant le 'Seigneur des Ramasseurs de Feu', une personne qui pourra récolter le feu de la comète millénaire, 'l'étincelle errante', qui vole dans le ciel depuis qu'elle y a été envoyée avant la dernière guerre. Cependant, il semblerait qu'elle soit en train de revenir sur terre... Nous suivons le quotidien de Touko, une jeune fille venant d'une ville papetière qui se retrouve dans la forêt interdite, assaillie par les flammes, lorsqu'un Ramasseur de Feu se précipite pour la protéger. Dans un autre endroit, Kōshi, un jeune garçon venant de la capitale, abrite sa jeune sœur après avoir perdu sa mère à cause d'un poison d'usine.

La prophetie de la fin du monde se realise : une etoile noire s'approche et transforme la Terre en un jeu apocalyptique. L'humanite entiere est reduite au rang de PNJ, chassee et massacree par des Joueurs extraterrestres. Alors que tout espoir semble perdu, Yun Qi eveille une classe cachee lui conferant le pouvoir de riposter, lancant une guerre entre PNJ et Joueurs.

Onozawa Mirai, collégienne de 13 ans, termine son année scolaire. Peu de choses de sa vie actuelle lui plaisent et elle n'est guère enchantée de passer les vacances d'été avec ses parents et son petit frère Yūki, écolier de 8 ans. En effet, ses parents sont débordés de travail et n'envisagent pas un seul instant de quitter Tokyo pendant les vacances. Le premier jour des vacances, faute de temps, sa mère refuse d'emmener Yūki à Odaiba, une île artificielle, assister à une exposition sur les robots, sa passion. La tâche incombe alors à Mirai. Au moment de quitter les lieux pour rentrer, davantage de malheurs lui tombent dessus et elle finit par souhaiter que le monde s'écroule. C'est à ce moment que le sol se met à trembler et qu'un grand séisme frappe Tokyo. Avec l'aide de Kusakabe Mari, une jeune femme dynamique et altruiste que les deux enfants venaient de rencontrer, Mirai et son petit frère vont alors tenter de rentrer chez eux pour retrouver leur famille...