Très jeune, Uryû Kamihate a perdu sa mère des suites d'une maladie. Depuis, il n'a qu'un seul objectif : intégrer le prestigieux département de médecine de l'université de Kyôto. Sans le sou et n'ayant aucun autre endroit où aller, il accepte de venir vivre au sanctuaire Amagami... sans savoir qu'il devra cohabiter avec les trois petites filles du prêtre : la douce mais tête en l'air Yae, l'espiègle Asahi, et la fervente Yuna au caractère de feu. La situation n'étant cependant pas assez compliquée comme ça, Uryû apprend que s'il veut pouvoir rester, il va devoir accepter d'épouser l'une d'elles !

Du collège, Futaba Yoshioka n'a pas vraiment de bon souvenirs. Jugée "très mignonne", elle avait rapidement été jalousée par ses amies et mise à l'écart par toutes les autres filles. De plus, le garçon qu'elle aimait en secret, Kô Tanaka, lui avait posé un lapin alors qu'il l'avait invité. Désormais au lycée, Futaba est bien décidée à changer son image et à repartir de zéro : nouvel établissement, nouvelles amies... Jusqu'à ce qu'elle découvre que Kô est inscrit dans le même établissement qu'elle.

On suit le quotidien de la jeune Akira Tachibana et celui de son entourage. Cette dernière a des sentiments pour son manager de 45 ans mais il est persuadé qu'elle est systématiquement en colère contre lui. Il y a aussi son camarade de classe, Yoshizawa, qui ne la lâche pas d'une semelle dès qu'il en a l'occasion mais se fait toujours lamentablement ignorer. Sa kohai, qu'Akira encourage dès qu'elle peut et qui est presque aussi bonne qu'elle ne l'était en course. Et puis il y a aussi ses amies au lycée ou encore ses collègues de travail !

Moritaka Mashiro est un étudiant de neuvième année qui a un talent inné pour le dessin et Akito Takagi, le meilleur élève de sa classe veut devenir mangaka. Après beaucoup d'argumentation, Takagi convainc Mashiro de s'associer pour créer ensemble le meilleur manga que le Japon n'ait jamais eu. Takagi avec son don pour l'écriture espère devenir un très grand mangaka et Mashiro avec son talent pour le dessin espère se marier avec la fille de ses rêves, Azuki Miho.

Shôko Komi est une adolescente à la beauté atypique que ses camarades et professeurs placent volontiers sur un piédestal. Ainsi, dès son premier jour au lycée, une barrière invisible s'est créée entre elle et le reste de sa classe, qui la perçoit comme inaccessible. Hitohito Tadano, assis juste à côté de Komi, remarque pourtant une chose qui l'interpelle : Shôko semble avoir des difficultés à communiquer. Cette dernière souffre en effet d'anxiété sociale extrême. Malgré tout, Komi est bien décidée à faire des efforts pour se faire des amis ; Tadano décide de l'y aider.

Fujioka Haruhi est une élève d'origine modeste, une "prolétaire" qui, grâce à ses résultats exceptionnels en classe, parvient à être admise au lycée Ouran. Ce lycée n'est habituellement réservé qu'aux gens de la haute société et tous les élèves sont de riches héritiers. Même le prix de l'uniforme est extravagant, à tel point qu'Haruhi ne peut pas se l'offrir. Et du fait de ses cheveux courts, Haruhi est prise pour un garçon. Un jour, alors qu'elle cherche un endroit calme pour réviser, elle pousse la porte de la 3è salle de musique. Ce qui l'attend alors, Haruhi n'aurait pu l'imaginer, puisque cette pièce est la salle attitrée du Cercle d'hôtes, un club unique à cette école dont les 6 membres sont des garçons de différents âges et états d'esprit, dont le travail consiste à divertir les jeunes filles. Haruhi sera entraînée dans leur univers bien malgré elle.

Largué par sa petite-amie, Kazuya Kinoshita tente de combler le vide dans son cœur à l'aide d'une application en vogue permettant de louer une nouvelle copine. C'est ainsi qu'il fait la rencontre de Chizuru Mizuhara, une jeune fille à première vue parfaite possédant tout ce que le jeune homme recherche : très belle et avec une personnalité mignonne et attentionnée. Il va cependant rapidement se rendre compte de la vraie personnalité de Mizuhara.

Taro a enfin pu avouer à son amie d'enfance Umi qu'il l'aime depuis toujours ! Mais à cet instant, s'affiche le nombre 100 devant la jeune fille... Car Taro a un pouvoir spécial : celui de visualiser un compte à rebours sur tous les êtres vivants qui ont moins de 100 jours à vivre ! Ensemble, le couple va faire face au destin et tenter d'arrêter le décompte fatidique...

Hikari Tsutsui est un otaku tout ce qu'il y a de plus basique. Il déteste avoir affaire avec les autres et tout particulièrement avec sa classe. À cause de cela, il est moqué par ses camarades. Un jour, il doit nettoyer la piscine en compagnie d'Iroha Igarashi, une jolie fille. Elle est d'ailleurs tout ce qu'il déteste chez les vraies filles ; elle sèche les cours, n'a aucune amies du sexe féminin et bien plus encore. Pourtant, elle est gentille avec lui et l'aidera même quand il sera de nouveau embêté par des élèves. Iroha pourrait bien changer la vie monotone d'Hikari...

Nagi est un élève sérieux passionné par ses études. Un jour, alors qu'il est en deuxième année, il découvre qu'il a été échangé à la naissance avec une fille. Espérant garder leurs enfants biologiques et adoptifs, leurs parents décident qu'ils vont se fiancer pour pouvoir rester en famille. Mais Nagi est déjà amoureux d'une autre fille...