Au Japon, dans une société du futur, une nouvelle loi prospère, la "Loi pour le maintient de la prospérité nationale". En rentrant à l'école primaire, chaque enfant reçoit un vaccin. Une injection sur 1000 contient une capsule qui se logera dans le cœur et explosera à une date et une heure définie, entre les 18 et 24 ans de la personne concernée. 24 heures avant sa mort, cette personne recevra un préavis de décès, l'"Ikigami" qui lui donne droit à un certain nombre de services privilégiés. Fujimoto est chargé de livrer l'ikigami.

Kasane Fuchi est la fille de l'actrice Sukeyo Fuchi, connue pour son talent et sa beauté. Pourtant Kasane est loin de ressembler à sa mère, on pourrait même dire qu'elle est laide et se fait d'ailleurs beaucoup embêter à l'école à cause de son physique. Un jour, sa mère décède, mais avant que celle-ci ne meurt, elle dit un jour à Kasane que si elle trouvait que les temps étaient durs pour elle, elle pourrait mettre son rouge à lèvre et embrasser ce qu'elle voulait. Ce rouge à lèvre permet en réalité de prendre l'apparence de la personne qu'elle embrasse...

24 juin 1989. Une effroyable affaire d'empoisonnement au cyanure de potassium frappe l'école primaire du village d'Oto Usu (département de Hokkaido), faisant 21 victimes. Le coupable désigné est le policier du village, un certain Bungo Sano. Vingt-huit ans après les faits, son fils, Shin, se rend à Hokkaido pour rencontrer ce père qui a toujours clamé son innocence. Mais auparavant, Shin décide de faire un crochet par Oto Usu, où il se trouve brusquement enveloppé dans un épais brouillard. Lorsque ce dernier se retire, le jeune homme se retrouve devant l'école primaire d'Oto Usu, qui est censée avoir été rasée après le drame. En réalité, Shin a été mystérieusement transporté dans le village tel qu'il existait, six mois avant la tragédie !

1969 : Un groupe d'enfants se retrouve régulièrement dans une base secrète ; sous l'impulsion de Kenji Endô, les enfants inventent une histoire de science-fiction racontant la destruction de l'humanité par une organisation maléfique à laquelle ils s'opposaient pour finir par devenir les sauveurs du monde. Ils consignent cette histoire dans un Cahier de Prédictions. 1997 : Kenji dirige depuis un convini et porte constamment sur le dos le bébé que sa sœur lui a confié avant de disparaître mystérieusement. La mort d'un ami d'enfance va réunir la bande de copains qui, lorsqu'ils avaient dix ans, construisaient le monde avec des yeux d'enfants. Ami, le gourou d'une secte, va croiser le chemin de nos amis sans raison apparente... mais pourtant il semble être en étroite relation avec leur passé...

Sanko Zaha, un ado qui adore les spaghettis, voyage dans les ténèbres de l'espace infini. On raconte que ses os exauceraient n'importe quel souhait. C'est pourquoi les pires malfrats de l'univers veulent lui faire la peau ! Heureusement, toujours accompagné d'Avakian, son fidèle sakadoh, il n'hésitera pas à désosser gaiement tous ses assaillants.

On suit l'histoire de jumeaux qui aspiraient à un grand pouvoir et se sont jurés de devenir des "héros". Cependant, des années plus tard, le jeune frère Hiiro abandonne son rêve et devient nettoyeur, l'un de ceux qui nettoient après le passage des héros, tandis que son frère en est lui devenu un. Hiiro s'était alors résolu à son sort... jusqu'à ce qu'il assiste au désespoir de son amie d'enfance Iruka, chassée par l'un de ces fameux héros. Fou de rage, il décide de défier son destin pour la première et dernière fois !

La tranquillité d'une petite ville japonaise, recouverte de neige, est brutalement perturbée par un meurtre odieux. Le corps démembré d'une lycéenne du nom de Mako Igarashi est retrouvé près d'un lac. Bientôt, Mizuki Aikawa, élève au même lycée que la victime, revendique les faits auprès des forces de polices locales. Cependant, alors qu'elle relate les événements, le doute s'invite progressivement dans la tête de ses avocats. Quels lourds secrets Mako et Mizuki partageaient-elles ? Voici le récit d'une lutte au cœur des ténèbres de l'âme humaine et de ses perversions.

L'histoire débute avec un groupe de jeunes filles possédant un pouvoir nommé 'Alice Dream', qui permet de matérialiser leur imagination. Après avoir été découvertes par un laboratoire, elles sont devenues, contre leur gré, des sujets d'expérience. Sana, une de ces filles, dont son pouvoir inclut la capacité d'ignorer les lois de la physique, réussi à s'échapper. Ensuite, elle rencontre Zouroku, un homme assez âgé qui déteste les perturbations dans sa vie quotidienne.

Reiji n'est pas un adolescent épanoui, ni même heureux de vivre. Son quotidien est morne et rempli d'obligations. Dans sa ville, personne ne fait attention aux autres, l'ambiance y est morose, presque morte. Le seul endroit touristique de la ville est d'ailleurs « L'abysse des amoureux » rendu tristement célèbre par l'auteur « Esemori Kôsaku » qui en a fait le lieu d'un double suicide des héros de son roman, « Un cercueil printanier ». Cette ville est donc bien morbide et Reiji, tout comme Chako, son amie d'enfance, rêve de la fuir. C'est une rencontre fortuite qui va changer l'avenir morne qui les attendait. Mais pas forcément pour un bien...

Le 10 juin 2010 du calendrier impérial, le Nouvel Empire de Britannia a écrasé les forces japonaises et a conquis le pays en moins d'un mois grâce à ses mechas nommés Knightmare. Le Japon a perdu sa liberté et a été renommé Zone 11 tandis que les japonais ont perdu leur identité et sont appelés "Elevens". Ces derniers sont forcés de vivre dans des ghettos tandis que les colons britanniens occupent la majeure partie du territoire. Pourtant, des mouvements rebelles naissent et les nationalistes japonais continuent la lutte pour l'indépendance. Un jeune homme nommé Lelouch s'est juré de détruire l'empire de Britannia depuis que son père, l'empereur lui-même, n'a rien fait pour pourchasser les terroristes qui ont tué sa mère et estropié sa jeune sœur. Sept ans plus tard, lors d'une altercation entre les deux camps, il rencontre un groupe de rebelles Elevens qui ont volé un secret militaire : une mystérieuse jeune fille. En entrant en contact avec elle, Lelouch obtient le Geass, un pouvoir qui lui permet de contrôler la pensée de toutes les personnes qui croisent son regard, mais qui ne fonctionne qu'une seule fois sur chacune d'elles. Grâce à ce pouvoir, Lelouch va pouvoir mener le combats qu'il a toujours voulu contre Brittania et poursuivre ses deux rêves : venger sa mère et créer un monde où sa sœur pourra vivre en paix.