L'histoire débute avec un groupe de jeunes filles possédant un pouvoir nommé 'Alice Dream', qui permet de matérialiser leur imagination. Après avoir été découvertes par un laboratoire, elles sont devenues, contre leur gré, des sujets d'expérience. Sana, une de ces filles, dont son pouvoir inclut la capacité d'ignorer les lois de la physique, réussi à s'échapper. Ensuite, elle rencontre Zouroku, un homme assez âgé qui déteste les perturbations dans sa vie quotidienne.

Shûichi Kagaya, un lycéen jusqu'ici sans histoires devient subitement capable de se transformer en un gigantesque "monstre" aux capacités hors normes. Il sauve ainsi la vie de Claire coincée dans une maison en feu. Mais Claire découvre son secret et également qu'elle a la possibilité de se faufiler, par le biais d'une fermeture éclair, dans la mascotte incarnée par Shuîchi. Et si Shuîchi n'était pas le seul dans ce cas !? Qu'est-ce qui attend ces deux lycéens désormais liés par le destin !? Leur plus grand combats est sur le point de commencer !! Ne faisons plus qu'un... à la vie, à la mort !

1969 : Un groupe d'enfants se retrouve régulièrement dans une base secrète ; sous l'impulsion de Kenji Endô, les enfants inventent une histoire de science-fiction racontant la destruction de l'humanité par une organisation maléfique à laquelle ils s'opposaient pour finir par devenir les sauveurs du monde. Ils consignent cette histoire dans un Cahier de Prédictions. 1997 : Kenji dirige depuis un convini et porte constamment sur le dos le bébé que sa sœur lui a confié avant de disparaître mystérieusement. La mort d'un ami d'enfance va réunir la bande de copains qui, lorsqu'ils avaient dix ans, construisaient le monde avec des yeux d'enfants. Ami, le gourou d'une secte, va croiser le chemin de nos amis sans raison apparente... mais pourtant il semble être en étroite relation avec leur passé...

Kanto et Kansai, deux régions adjacentes, se sont autrefois déchirées à l'occasion d'une guerre particulièrement violente. Le conflit prit fin lorsqu'une bombe fût lâchée sur Kansai, créant un dôme infranchissable autour de la région. Désormais, le seul moyen de quitter les lieux est d'emprunter le Shinkansen, devenu un objet sacré et révéré à Kansai. Coupée du monde, affaiblie par la guerre, la région de Kansai est progressivement devenue une zone de non-droit où les criminels, surnommés Akudama, prolifèrent. Un jour, alors qu'elle est au commissariat à la suite d'une erreur judiciaire, une citoyenne ordinaire est entrainée bien malgré elle par un groupe d'Akudama. Leur but ? Attaquer le Shinkansen et récupérer un coffre-fort qui s'y trouve.

Saya Kisaragi est une jeune fille somme toute ordinaire vivant avec son père Tadayoshi, prêtre d'un temple shintoïste. Elle va au lycée, a des amis et est une incurable gloutonne, mais lorsque son devoir l'appelle, celle-ci part combattre des créatures appelées les Âgés (ou Anciens) avec l'épée sacrée qui se transmet dans sa famille. Cependant cet équilibre entre ses deux vies est petit à petit bouleversé lorsque son devoir rattrape son quotidien.

Un étrange champ de force d'origine inconnue s'est dressé autour de Tokyo il y a dix ans. On l'appelle 'la porte des enfers' (Hell's gate). La semaine suivant cette apparition, la police découvre l'existence d'êtres surnaturels : les Contractors, êtres d'apparence humaine possédant des pouvoirs surhumains, et les Dolls, générés par un programme. Pour n'éveiller aucune panique de la part des habitants de Tokyo, une section, la 'quatrième section des Affaires Étrangères', dont fait partie l'agent Kirihara Misaki, s'occupe d'effacer la mémoire de tout habitant entrant en contact avec un Contractor. Une scientifique du nom de Shinoda Chiaki ayant fait une thèse à propos de la porte se retrouve poursuivie par la police qui veut lui effacer la mémoire. Elle rencontre alors Li, un chinois qui vient d'emménager à Tokyo, qui la protège des Contractors et de la police. Cet homme semble lié à un homme mystérieux vouant une haine plus sombre que le noir aux Contractors.

Il y a 10 ans, un tremblement de terre a plongé Tokyo dans le chaos. 70% de la ville a alors été submergée par les eaux. Un collégien de 14 ans, se nommant Ganta Igarashi, s'avère être un survivant de cette terrible catastrophe, mais ne s'en souvient visiblement pas. Un jour comme tous les autres dans la salle de classe du jeune garçon, un homme rouge ayant l'air très énigmatique débarque sans prévenir, et, en arrivant par la fenêtre, il détruit en un rien de temps le lieu, puis tous ceux se trouvant dans celui-ci. A part Ganta, qui, une fois de plus, a survécu. Ce dernier est à présent tout seul... Et comme cela ne suffisait pas, lorsqu'il se réveille dans sa chambre d'hôpital, il se retrouve tout à coup accusé, sans qu'il ne sache pourquoi, et condamné à mort. Lui prétend pourtant n'avoir commis aucun meurtre, cela le bouleverse donc beaucoup, en plus de la perte de tous ses amis. Suite à cela, on finit par emmener Ganta à la prison privée Deadman Wonderland, une prison où les règles se révèlent peu ordinaires, ce qui en fait un endroit assez angoissant. Là-bas, il fera l'étrange rencontre de Shiro, une jeune fille qui a l'air de le connaître depuis longtemps et qui le considère comme un ami. Il découvrira également que depuis la disparition de tous ses proches, il possède un pouvoir inhabituel...

Il y a plusieurs années, une mystérieuse forme de vie nommée Gadoll a presque exterminée l'humanité. Le reste de l'humanité habite désormais dans Deca-dence, une immense forteresse mouvante de 3000 mètres de haut construite pour faire face à la menace des Gadoll. Les habitants de Deca-dence se divisent en deux catégories : les Gears, des guerriers combatstant quotidiennement les Gadoll et les Tankers, des personnes ne possédant pas les compétences pour se mesurer à ces monstres. Un jour, Natsume, une Tankers qui rêve de devenir une Gears, fait la rencontre de Kaburagi, un réparateur d'armure. L'une est une fille positive qui n'abandonne jamais ses rêves et l'autre un homme réaliste qui a abandonné les siens. Cette rencontre fortuite finira par ébranler le futur de ce monde.

Japon, Tokyo. Le quartier d'Ikebukuro est un lieu étrange où persiste une curieuse légende urbaine : une motarde sans tête circulerait dans les rues du quartier, juchée sur une moto sans phares ni lumières. Mikado Ryûgamine est un jeune lycéen ayant fraîchement aménagé dans le quartier sur les conseils de son vieil ami, Masaomi Kida. Mais alors alors qu'il découvre Ikebukuro et ses légendes urbaines, il est surpris par l'attitude de Kida lorsqu'une personne évoque devant lui les guerres de gangs qui faisaient rage dans le quartier environ un an plus tôt. Un passé d'autant plus préoccupant qu'un nouveau gang, baptisé 'Dollars' semble se développer à très grande vitesse dans le quartier.

L'histoire se déroule au Japon mille ans après notre ère. Cinq enfants, Saki, Satoru, Maria, Mamoru, et Shun sont nés et ont grandi dans une petite ville tranquille qui peut être décrite comme une utopie. Le monde est gouverné par des gens qui ont la puissance des dieux. Après un certain incident, Saki et les autres réalisent la vraie nature de leur monde. Les cinq enfants se lancent dans une aventure dangereuse pour protéger leurs amis et tout un monde qui est sur le point de s'effondrer.