Une gigantesque météorite est entrée en collision avec la Terre. De nombreuses espèces, y compris l'humanité, ont été rayés de la surface de la planète. Le gouvernement japonais, qui avait prévu cette catastrophe, a prit des mesures pour essayer de contrer le pire des scénarios. Le projet "7SEEDS", l'une de ces mesures, comporte cinq groupes de sept jeunes hommes et femmes soigneusement sélectionnés et classés en équipes : printemps, été A, été B, automne et hiver. Chaque participant a ensuite été plongé dans un sommeil cryogénique dans l'espoir de préserver la survie de l'humanité. Lorsque ces hommes et femmes se sont réveillés, ils se sont soudainement retrouvés plongés dans un monde cruel. Bien qu'anéantis par la perte de leurs proches, ils vont commencer à chercher des solutions pour survivre.

L'histoire se déroule aux États-Unis, en pleine prohibition. La mafia est alors une puissante organisation à laquelle il ne vaut mieux pas se frotter. Pourtant, Avilio décide d'affronter cette organisation gigantesque dans le seul et unique but de venger sa famille assassinée. Sa cible ? Le groupe pour lequel travaillait son père autrefois.

Kanto et Kansai, deux régions adjacentes, se sont autrefois déchirées à l'occasion d'une guerre particulièrement violente. Le conflit prit fin lorsqu'une bombe fût lâchée sur Kansai, créant un dôme infranchissable autour de la région. Désormais, le seul moyen de quitter les lieux est d'emprunter le Shinkansen, devenu un objet sacré et révéré à Kansai. Coupée du monde, affaiblie par la guerre, la région de Kansai est progressivement devenue une zone de non-droit où les criminels, surnommés Akudama, prolifèrent. Un jour, alors qu'elle est au commissariat à la suite d'une erreur judiciaire, une citoyenne ordinaire est entrainée bien malgré elle par un groupe d'Akudama. Leur but ? Attaquer le Shinkansen et récupérer un coffre-fort qui s'y trouve.

Reisalin Stout, communément appelée Ryza par ses amis intimes, est une adolescente particulièrement joviale et pétillante qui vit sur l'île de Kurken avec ses amis, Tao et Lent. Avec ces derniers, Ryza a déjà fait les quatre cent coups mais, aujourd'hui, le trio infernal ne veut plus se contenter d'arpenter les sentiers de l'île Kurken. En effet, Ryza, Tao et Lent ont pour ambition de parcourir le monde et devenir des explorateurs aguerris. Leur première escapade hors de leur île natale vire toutefois au désastre et la joyeuse troupe ne doit son salut qu'à deux voyageurs itinérants, Empel Vollmer et Lila Decyrus. Très rapidement, Ryza et ses amis sympathisent avec ces deux étrangers qui décident subitement de les prendre sous leurs ailes afin qu'ils puissent réaliser leur rêve. Débute ainsi le périple estival de Ryza, Tao et Lent qui mettront tout en œuvre pour respectivement égaler les compétences alchimiques d'Empel, ainsi que les talents de combattant de Lila. Un nouveau chapitre est sur le point de débuter pour nos héros, dont la soif d'aventure et d'apprentissage n'a d'égal leur bravoure et leur motivation !

2016 : Tokyo est ravagé par l'effondrement d'une centrale nucléaire. 20 ans plus tard, la ville est quasiment déserte et Ibara, Aoi et Taeko, trois lycéennes modifiées génétiquement pour être insensibles aux rayonnements radioactifs, sont envoyées par l'armée dans la capitale pour trouver et secourir d'éventuels survivants.

Un étrange champ de force d'origine inconnue s'est dressé autour de Tokyo il y a dix ans. On l'appelle 'la porte des enfers' (Hell's gate). La semaine suivant cette apparition, la police découvre l'existence d'êtres surnaturels : les Contractors, êtres d'apparence humaine possédant des pouvoirs surhumains, et les Dolls, générés par un programme. Pour n'éveiller aucune panique de la part des habitants de Tokyo, une section, la 'quatrième section des Affaires Étrangères', dont fait partie l'agent Kirihara Misaki, s'occupe d'effacer la mémoire de tout habitant entrant en contact avec un Contractor. Une scientifique du nom de Shinoda Chiaki ayant fait une thèse à propos de la porte se retrouve poursuivie par la police qui veut lui effacer la mémoire. Elle rencontre alors Li, un chinois qui vient d'emménager à Tokyo, qui la protège des Contractors et de la police. Cet homme semble lié à un homme mystérieux vouant une haine plus sombre que le noir aux Contractors.

Il y a 10 ans, un tremblement de terre a plongé Tokyo dans le chaos. 70% de la ville a alors été submergée par les eaux. Un collégien de 14 ans, se nommant Ganta Igarashi, s'avère être un survivant de cette terrible catastrophe, mais ne s'en souvient visiblement pas. Un jour comme tous les autres dans la salle de classe du jeune garçon, un homme rouge ayant l'air très énigmatique débarque sans prévenir, et, en arrivant par la fenêtre, il détruit en un rien de temps le lieu, puis tous ceux se trouvant dans celui-ci. A part Ganta, qui, une fois de plus, a survécu. Ce dernier est à présent tout seul... Et comme cela ne suffisait pas, lorsqu'il se réveille dans sa chambre d'hôpital, il se retrouve tout à coup accusé, sans qu'il ne sache pourquoi, et condamné à mort. Lui prétend pourtant n'avoir commis aucun meurtre, cela le bouleverse donc beaucoup, en plus de la perte de tous ses amis. Suite à cela, on finit par emmener Ganta à la prison privée Deadman Wonderland, une prison où les règles se révèlent peu ordinaires, ce qui en fait un endroit assez angoissant. Là-bas, il fera l'étrange rencontre de Shiro, une jeune fille qui a l'air de le connaître depuis longtemps et qui le considère comme un ami. Il découvrira également que depuis la disparition de tous ses proches, il possède un pouvoir inhabituel...

Shinichi Kudo est élève en première au lycée Tivedétec (Teitan). Pour avoir résolu plusieurs enquêtes difficiles, il est considéré par beaucoup comme l'aide la plus précieuse que la police japonaise pouvait espérer. Un jour, lors d'une sortie avec son amie Ran Mouri dans un parc d'attraction après avoir résolu une affaire de meurtre, il fait la rencontre d'hommes étranges vêtus de noir qu'il avait vus précédemment sur les lieux d'un crime. Par curiosité et intuition, Shinichi les suit et comprend que ce sont des maîtres chanteurs. L'ayant découvert, ils lui font boire un poison expérimental pour le faire taire. L'effet est inattendu : son corps rajeunit, mais ses facultés de détective restent inchangées. Shinichi, aidé par son voisin le Dr. Agasa, inventeur génial et farfelu, décide de partir à la recherche de l'organisation secrète dont il a été victime. Shinichi cache sa véritable identité sous le pseudonyme de Conan Edogawa (de Sir Arthur Conan Doyle et d'Edogawa Ranpo), et se réfugie chez Ran, dont le père encore peu connu, Kogoro Mouri, s'est mis à son compte en tant que détective privé après avoir quitté la police. Shinichi trouve vraiment injuste le fait que, adulte, tout le monde l'écoutait, et que enfant, on ne lui accorde aucun moment où il peut résoudre une affaire. Il résout les affaires bien plus vite que le père de Ran, mais il est obligé d'attendre le bon moment pour faire en sorte que Mouri comprenne son "point de vue" sans attirer l'attention sur lui... Depuis l'arrivée de Conan, Mouri commence à être de plus en plus célèbre. En effet, régulièrement, lorsque Conan a enfin élucidé le mystère d'une affaire sur laquelle Mouri travaille, il endort ce dernier avec un gadget fabriqué par Agasa inclus dans sa montre, qui peut tirer un projectile hypodermique. Il se cache ensuite, et, grâce à son nœud papillon (un autre gadget d'Agasa), prend la voix de Kogoro (Il arrive aussi que Conan soit obligé de prendre la voix de quelqu'un d'autre). Kogoro Mouri est donc appelé le "détective endormi" (Nemuri no Kogoro en japonais), à cause de son air assoupi pendant qu'il "résout" une affaire. Kogoro et Ran ne connaissent pas la vraie identité de Conan. Aussi, lorsque Conan fait une déduction en public, Ran s'étonne. Conan s'en tire souvent par une pirouette, tandis que Mouri s'énerve car il trouve qu'un enfant n'a pas à se trouver sur les lieux d'un crime ni à essayer de les résoudre...

En 2010, dix missiles se sont abattus à travers tout le Japon sans faire la moindre victime. Trois mois après cette attaque, Misaki Mori une jeune étudiante en voyage scolaire aux États-Unis pour la remise des diplômes se retrouve mêlée à une terrible affaire, elle est alors sauvée par un japonais amnésique du nom d'Akira Takizawa qui n'a sur lui qu'un téléphone et un pistolet.

L'histoire suit sept Masters s'affrontant dans la ville de Fuyuki. Dotés de pouvoirs magiques, et pouvant compter sur l'aide de Servants qu'ils ont invoqués, le dernier d'entre eux pourra s'approprier le Graal et exaucer son vœu le plus cher.