BTOOOM! est un jeu online au succès mondial. Celui-ci consiste à battre l'équipe adverse avec des bombes pour seules armes. Ryouta Sakamoto, 22 ans et sans emploi, est l'un de ces nombreux joueurs qui passent leur temps dessus. Qui plus est, il peut se targuer d'apparemment faire partie des meilleurs. Mais lorsqu'il se réveille sur une île inconnue, loin du confort de sa chambre, la réalité le rattrape vite quand il se rend compte qu'il va devoir jouer à BTOOOM! en vrai, sous peine d'y laisser sa vie.

Le 10 juin 2010 du calendrier impérial, le Nouvel Empire de Britannia a écrasé les forces japonaises et a conquis le pays en moins d'un mois grâce à ses mechas nommés Knightmare. Le Japon a perdu sa liberté et a été renommé Zone 11 tandis que les japonais ont perdu leur identité et sont appelés "Elevens". Ces derniers sont forcés de vivre dans des ghettos tandis que les colons britanniens occupent la majeure partie du territoire. Pourtant, des mouvements rebelles naissent et les nationalistes japonais continuent la lutte pour l'indépendance. Un jeune homme nommé Lelouch s'est juré de détruire l'empire de Britannia depuis que son père, l'empereur lui-même, n'a rien fait pour pourchasser les terroristes qui ont tué sa mère et estropié sa jeune sœur. Sept ans plus tard, lors d'une altercation entre les deux camps, il rencontre un groupe de rebelles Elevens qui ont volé un secret militaire : une mystérieuse jeune fille. En entrant en contact avec elle, Lelouch obtient le Geass, un pouvoir qui lui permet de contrôler la pensée de toutes les personnes qui croisent son regard, mais qui ne fonctionne qu'une seule fois sur chacune d'elles. Grâce à ce pouvoir, Lelouch va pouvoir mener le combats qu'il a toujours voulu contre Brittania et poursuivre ses deux rêves : venger sa mère et créer un monde où sa sœur pourra vivre en paix.

Ayato Kamina, 17 ans, est lycéen à Tokyo où travaille sa mère. Sa vie, en apparence banale, va basculer le jour où il fera la connaissance de la mystérieuse Reika Mishima. Cette dernière le guidera jusqu'à Xephon, un mecha gigantesque, auquel Ayato a toujours été lié sans le savoir. Peu après, l'adolescent découvrira que le sang de sa mère est bleu et que le monde dans lequel il vivait, baptisé Tokyo Jupiter, n'était qu'une enclave isolée du reste du monde et contrôlée par les Mulien, des ennemis de l'Humanité. Choqué, Ayato va alors se replier sur lui-même avant de chercher à trouver sa place dans ce monde, coincé entre des militaires humains qui veulent l'utiliser et des Muliens qui le convoitent.

Ce spin-off suit le 666ème escadron de TSF nommé Schwarzesmarken de l'armée est-allemande. Cette unité est chargée de combattre les envahisseurs extraterrestres nommée BETA, cet objectif est important et ne doit subir aucun échec même si des alliés proches de la mort demandent de l'aide, rien ne doit les déranger jusqu'à l'accomplissement de la mission. L'unité 666 est principalement constitué de personnes pilotant des méchas de type Tactical Surface Fighters MiG-21, sauf le commandant Irisdena Bernhard qui elle pilote un MiG-21PF. Ses membres sont sous la surveillance de la terrifiante Stasi, la police politique qui contrôle totalement la RDA, suite à l'arrivée d'une pilote de l'armée ouest-allemande.

Une gigantesque météorite est entrée en collision avec la Terre. De nombreuses espèces, y compris l'humanité, ont été rayés de la surface de la planète. Le gouvernement japonais, qui avait prévu cette catastrophe, a prit des mesures pour essayer de contrer le pire des scénarios. Le projet "7SEEDS", l'une de ces mesures, comporte cinq groupes de sept jeunes hommes et femmes soigneusement sélectionnés et classés en équipes : printemps, été A, été B, automne et hiver. Chaque participant a ensuite été plongé dans un sommeil cryogénique dans l'espoir de préserver la survie de l'humanité. Lorsque ces hommes et femmes se sont réveillés, ils se sont soudainement retrouvés plongés dans un monde cruel. Bien qu'anéantis par la perte de leurs proches, ils vont commencer à chercher des solutions pour survivre.

2016 : Tokyo est ravagé par l'effondrement d'une centrale nucléaire. 20 ans plus tard, la ville est quasiment déserte et Ibara, Aoi et Taeko, trois lycéennes modifiées génétiquement pour être insensibles aux rayonnements radioactifs, sont envoyées par l'armée dans la capitale pour trouver et secourir d'éventuels survivants.

Un étrange champ de force d'origine inconnue s'est dressé autour de Tokyo il y a dix ans. On l'appelle 'la porte des enfers' (Hell's gate). La semaine suivant cette apparition, la police découvre l'existence d'êtres surnaturels : les Contractors, êtres d'apparence humaine possédant des pouvoirs surhumains, et les Dolls, générés par un programme. Pour n'éveiller aucune panique de la part des habitants de Tokyo, une section, la 'quatrième section des Affaires Étrangères', dont fait partie l'agent Kirihara Misaki, s'occupe d'effacer la mémoire de tout habitant entrant en contact avec un Contractor. Une scientifique du nom de Shinoda Chiaki ayant fait une thèse à propos de la porte se retrouve poursuivie par la police qui veut lui effacer la mémoire. Elle rencontre alors Li, un chinois qui vient d'emménager à Tokyo, qui la protège des Contractors et de la police. Cet homme semble lié à un homme mystérieux vouant une haine plus sombre que le noir aux Contractors.

Itsuka Shido est un jeune lycéen vivant une vie paisible jusqu'à ce qu'une explosion détruise la ville et qu'une jeune fille en armure apparaisse devant lui. Quelques instants après, sa sœur adoptive Kotori, qui est en réalité commandante de l'organisation militaire Ratatoskr, lui apprend que la fille en question est un esprit qui déstabilise l'espace-temps. Le seul moyen d'arrêter cette menace est que Shido utilise son mystérieux pouvoir lui permettant de sceller les pouvoirs d'un esprit dans son corps. Cependant, cette méthode ne fonctionne que si l'esprit l'affectionne et a confiance en lui. Ainsi, l'organisation Ratatoskr va lui proposer sortir avec cet esprit pour gagner sa confiance et son affection.

Lucy, une diclonius (génération spontanée de mutants annonçant un événement), est gardée dans un laboratoire de haute sécurité dans lequel des expériences sont réalisées sur ces êtres surhumains. Suite à un accident, elle parvient à s'échapper en tuant sauvagement toute personne entravant son chemin, grâce à ses vecteurs (ce sont des "mains" extrêmement tranchantes, invisibles et d'au moins 2 mètres de long). Une fois à l'extérieur du bâtiment, un garde sniper réussit à la toucher en pleine tête et la fait tomber dans la mer. Le lendemain, Kouta un jeune garçon qui revient dans la ville où il est né, Kamakura, donne un rendez-vous à sa cousine Yuka qu'il n'a pas vu depuis son accident : depuis son enfance. Ils décident alors d'aller à la plage, où ils jouaient quand ils étaient enfants avec la petite sœur de Kouta, Kanae, qui est morte d'une grave maladie. Là-bas, ils rencontrent une jeune fille mystérieuse qui, apparemment, a perdu la mémoire. Sans savoir où elle habite, Kouta et Yuka l'emmènent chez eux et lui donne un nom : Nyu, c'est le seul mot qu'elle arrive a prononcer ! Mais suite à l'évasion qui s'est produite au laboratoire, l'Unité d'Assaut Spécial (S.A.T.) a reçu le feu vert pour éliminer la fugitive, Lucy qui se révèle en réalité être la mystérieuse Nyu...

En Italie, le gouvernement a créé l'organisation d'aide sociale; une agence secrète spécialisée dans la lutte contre les Séparatistes Républicains du nord, et le terrorisme. Pour ses missions, elle utilise des fillettes, proches de la mort, gravement malades ou ayant subit un traumatisme grave. Après avoir été robotisée et subi un lavage de cerveau, chacune de ces filles devient une tueuse implacable, entièrement dévouée au fratello (frère en italien), un adulte souvent issu de la police militaire avec qui elle fait équipe. Mais ce n'est pas aussi simple que cela parait, surtout pour le duo José/Henrietta où José développe des sentiments pour Henrietta.