L'histoire se déroule dans les années soixante, plus précisément en 1963, tout juste un an avant les jeux olympiques de Tokyo. On suit ainsi le quotidien de la jeune lycéenne Matsuzaki Umi, membre du journal de son école...

Dans cette histoire nous suivons un groupe de lycéens dans le quotidien. Autant dans leurs peines que dans leurs meilleurs moments. Natsuki Enomoto est une étudiante de troisième année au lycée Sakuragaoka. Cette dernière est amoureuse de Setoguchi Yû, son ami d'enfance. Un jour, lorsqu'elle décide enfin à se déclarer, Natsuki fait une grave erreur. En effet, par peur de se faire rejeter, elle décide de faire passer sa déclaration pour un entraînement. Vu que Natsuki continue de prétendre ne pas être amoureuse de Yû, Koyuki Ayase, un autre élève de sa classe décide de se lancer pour se déclarer à Natsuki. Pourra-t-elle un jour arrêter cette mascarade et se déclarer pour de 'vrai' à Yû ?

Shizuku Tsukishima est une jeune collégienne vivant à Tokyo, elle est passionnée de lecture et habile en poésie, fréquentant assidûment la bibliothèque où travaille son père et usant de ses bonnes relations avec la responsable de la bibliothèque du collège pour emprunter des livres en dehors des heures d'ouverture. En allant à la bibliothèque, Shizuku voit un chat prendre le train avec elle. Elle le suit pour arriver, après quelques déambulations, dans une petite boutique d'antiquités. Elle y rencontre le propriétaire, un vieil homme sympathique. Sortie de la boutique, elle voit le chat en compagnie d'un garçon de son collège. Elle ne sait pas encore qu'il s'agit de Seiji Amasawa dont elle avait remarqué le nom sur les cartes d'emprunt d'un grand nombre des livres de bibliothèque qu'elle avait elle-même empruntés. Le propriétaire du magasin est le grand-père de Seiji. La première rencontre de Seiji et Shizuku avait été brève et indélicate mais finalement une amitié se noue entre eux. Shizuku apprend que Seiji travaille afin d'être luthier.

Taeko, une jeune citadine de 27 ans, part en vacances à la campagne dans la famille de son beau-frère. Laissant derrière elle ses préoccupations, elle se laisse submerger par ses souvenirs d'enfance, des anecdotes survenues en 1966 alors qu'elle n'avait que 11 ans...

Taro a enfin pu avouer à son amie d'enfance Umi qu'il l'aime depuis toujours ! Mais à cet instant, s'affiche le nombre 100 devant la jeune fille... Car Taro a un pouvoir spécial : celui de visualiser un compte à rebours sur tous les êtres vivants qui ont moins de 100 jours à vivre ! Ensemble, le couple va faire face au destin et tenter d'arrêter le décompte fatidique...

Hikari Tsutsui est un otaku tout ce qu'il y a de plus basique. Il déteste avoir affaire avec les autres et tout particulièrement avec sa classe. À cause de cela, il est moqué par ses camarades. Un jour, il doit nettoyer la piscine en compagnie d'Iroha Igarashi, une jolie fille. Elle est d'ailleurs tout ce qu'il déteste chez les vraies filles ; elle sèche les cours, n'a aucune amies du sexe féminin et bien plus encore. Pourtant, elle est gentille avec lui et l'aidera même quand il sera de nouveau embêté par des élèves. Iroha pourrait bien changer la vie monotone d'Hikari...

L'histoire commence à Tokyo, Akari Shinohara et Takaki Tonoo sont deux jeunes amis inséparables, jusqu'au jour où Akari doit déménager. Cette nouvelle vie est accompagnée par une correspondance entre les deux qui ont du mal à supporter la distance. Un jour Takaki apprend qu'il va déménager très loin d'Akari, il décide alors d'aller la revoir. Pendant son voyage, par une nuit d'hiver, lorsque son train est coincé par la neige, Takaki se remémore tous ses moments passés avec Akari. Œuvre emblématique pour celui que l'on nomme souvent le « nouveau Miyasaki »,5cm Per Second est une variation poignante sur la jeunesse perdue où l'émotion du récit rejoint la pureté du graphisme.

Senagaki Isaku sera une lycéenne à partir de printemps. Son grand-père est le troisième chef du groupe Senagaki, une organisation de yakuza; c'est pourquoi elle est redoutée par ceux qui l'entourent. Admise dans un lycée éloigné de sa ville natale à partir du printemps, elle espère se faire des amis normaux et tomber amoureuse normalement Néanmoins, le jeune chef surprotecteur du groupe Senagaki, Utou Keiya, falsifie son âge et entre à l'école avec elle par une admission détournée... Keiya proclame que l'amour est trop tôt pour elle, bien qu'Isaku soit parfaitement prête. En vérité, elle entretenait un amour non partagé pour Keiya depuis un certain temps.

Tout commence lorsque Shôko Nishimiya intègre en cours d'année la classe de primaire de Shôya Ishida. La jeune Shôko est une sourde et Shôya est un jeune garçon turbulent qui n'en fait qu'à sa tête et qui ne cause que des problèmes. Ce sont deux personnes différentes et Shôya ne semble pas comprendre qui est réellement Shôko. De ce fait, il commencera à la brutaliser, ne sachant pas comment s'y prendre avec elle. La classe suivra le mouvement au fur et à mesure, mais plus discrètement, sans que leur professeur principal ne fasse d'efforts pour les rappeler à l'ordre. Seulement un jour, le garçon dépasse les limites et le directeur demande à savoir qui a cassé les appareils auditifs de Shôko. C'est ainsi que Shôya réalisera qu'il se retrouve tout seul car tout le monde lui tourne le dos, feignant d'avoir été manipulés par ce dernier. Shôko est transférée dans une nouvelle école et Shôya se rend compte que chaque jour, malgré tout, elle souhaitait seulement être son amie. Les années passent : Shôya est désormais un lycéen de dernière année. Rempli de remords, il ne peut penser à autre chose qu'à se repentir de ses actes envers Shôko. Il a même décidé d'apprendre la langue des signes pour qu'elle puisse comprendre ce qu'il a à lui dire. Avant de mettre fin à ses jours, il apprend où se trouve Shôko et décide de la rencontrer afin d'alléger son cœur mais il ne se doutait pas que ces retrouvailles allaient changer son destin.

Très jeune, Uryû Kamihate a perdu sa mère des suites d'une maladie. Depuis, il n'a qu'un seul objectif : intégrer le prestigieux département de médecine de l'université de Kyôto. Sans le sou et n'ayant aucun autre endroit où aller, il accepte de venir vivre au sanctuaire Amagami... sans savoir qu'il devra cohabiter avec les trois petites filles du prêtre : la douce mais tête en l'air Yae, l'espiègle Asahi, et la fervente Yuna au caractère de feu. La situation n'étant cependant pas assez compliquée comme ça, Uryû apprend que s'il veut pouvoir rester, il va devoir accepter d'épouser l'une d'elles !