En 1972, dans l'établissement de Yomiyama au Japon, un jeune nommé Misaki Yomiyama meurt dans un accident mystérieux. Ses camarades de la classe 3-3, très attristés et ne voulant pas y croire, décident de faire comme si il était encore en vie jusqu'à la fin de l'année, lors de la remise des diplômes. C'est alors le début d'une longue histoire...

En 1711, dans un bateau à destination des Etats-Unis, des alchimistes invoquèrent le démon pour obtenir la vie éternelle. Celui-ci leur fit boire un breuvage qui leur assura l'immortalité et la jeunesse éternelle. Mais ce terrifiant pouvoir provoqua des conflits entre les alchimistes et ceux-ci se dispersèrent pour échapper à ceux d'entre eux, qui, avides de pouvoir, voudraient les faire disparaître. 1930, Etats-Unis d'Amérique. Bien que plus de 200 ans se soient écoulés, les destins des alchimistes restants et celui de plusieurs personnes vont se croiser par un concours de circonstances. Tous vont se retrouver embarqués dans les affaires mêlant conflits entre différents clans de la mafia, le mystérieux élixir, et un couple de voleurs particulièrement excentriques.

Saya Kisaragi est une jeune fille somme toute ordinaire vivant avec son père Tadayoshi, prêtre d'un temple shintoïste. Elle va au lycée, a des amis et est une incurable gloutonne, mais lorsque son devoir l'appelle, celle-ci part combattre des créatures appelées les Âgés (ou Anciens) avec l'épée sacrée qui se transmet dans sa famille. Cependant cet équilibre entre ses deux vies est petit à petit bouleversé lorsque son devoir rattrape son quotidien.

Lors d'une nuit pluvieuse après la fête de l'école, un groupe d'étudiants de la Kisaragi Académie décide de réaliser le charme du "Sachiko" charme, qui les unira pour toujours comme des amis. Leur professeur ainsi que Yuka, la petite sœur de Satoshi se joignent à eux pour réaliser ce rituel trouvé sur internet par Ayumi. Une fois le rituel terminé un tremblement de terre les transportse soudainement vers une autre dimension, ils se retrouvent dans une vieille école élémentaire. Le passé horrible qui se cache derrière les murs de cette école semblent cacher une horrible malédiction, nos protagonistes devront trouver un moyen de rentrer tous sains et saufs chez eux!

Keitarô Gentôga est un étudiant de première année qui déteste les fantômes mais, malgré lui, il possède une capacité permettant de les attirer. Deux ans avant le début de l'histoire, Keitarô et un de ses amis furent blessés à cause d'une connexion avec l'un de ces derniers. Devenu sans-abri suite à l'incident, Keitarô peut toutefois compter sur le soutien de son amie d'enfance Eiko, qui l'aide à se réinsérer. Dans le cadre de sa réhabilitation, Keitarô est embauché comme tuteur privé, et son premier élève n'est autre que Yayoi Hôzuki, la cousine d'Eiko. Cependant, Yayoi peut aussi voir les fantômes mais, contrairement à Keitarô, elle cherche à les rencontrer pour retrouver celui qui a emporté sa mère.

Il y a 10 ans, un tremblement de terre a plongé Tokyo dans le chaos. 70% de la ville a alors été submergée par les eaux. Un collégien de 14 ans, se nommant Ganta Igarashi, s'avère être un survivant de cette terrible catastrophe, mais ne s'en souvient visiblement pas. Un jour comme tous les autres dans la salle de classe du jeune garçon, un homme rouge ayant l'air très énigmatique débarque sans prévenir, et, en arrivant par la fenêtre, il détruit en un rien de temps le lieu, puis tous ceux se trouvant dans celui-ci. A part Ganta, qui, une fois de plus, a survécu. Ce dernier est à présent tout seul... Et comme cela ne suffisait pas, lorsqu'il se réveille dans sa chambre d'hôpital, il se retrouve tout à coup accusé, sans qu'il ne sache pourquoi, et condamné à mort. Lui prétend pourtant n'avoir commis aucun meurtre, cela le bouleverse donc beaucoup, en plus de la perte de tous ses amis. Suite à cela, on finit par emmener Ganta à la prison privée Deadman Wonderland, une prison où les règles se révèlent peu ordinaires, ce qui en fait un endroit assez angoissant. Là-bas, il fera l'étrange rencontre de Shiro, une jeune fille qui a l'air de le connaître depuis longtemps et qui le considère comme un ami. Il découvrira également que depuis la disparition de tous ses proches, il possède un pouvoir inhabituel...

Fils du célèbre démon Sparda, et d'une humaine, Dante a hérité de son père des pouvoirs surnaturels. Il a monté un bureau appelé Devil May Cry, où il accepte diverses missions qui consistent à traquer des démons à l'aide de sa large épée et de ses deux Beretta. L'anime reprend les aventures du célèbre chasseur des jeux CAPCOM.

Les démons qui dominaient la Terre il y a longtemps ont vu leur monde détruit. De nos jours, Fudô Akira, un lycéen de faible constitution logeant chez son amie Makimura Miki voit revenir son ami d'enfance,Asuka Ryô, qui a découvert lors de son séjour en Amérique que les démons agissent toujours dans l'ombre et se sont infiltrés dans la société humaine. Ce dernier lui demande de l'aider à les combattre et il va alors fusionner avec Amon, un démon, et ainsi devenir Devilman, l'homme-démon. S'ensuit alors des combats incessants et sanglants où démons et humains montreront les pires facettes de leurs personnalités.

Kanoe Yūko est une jeune étudiante, qui, après d'étranges circonstances, est laissée morte à l'intérieur de l'ancien bâtiment de l'académie Seikyou. Des années plus tard, un nouvel étudiant du nom de Niiya Teiichi d'une classe de 1ère année, se perd dans ce vieux bâtiment et rencontre le fantôme de la jeune fille qui l'aide à retrouver son chemin. Malheureusement la jeune fille n'ayant aucun souvenir de sa mort, le jeune Teiichi décide d'ouvrir un club d'enquête pour tenter de découvrir la raison et la cause ainsi que tous les autres mystères qui entourent cette école.

L'histoire se déroule dans Romdeau, une ville futuriste abritée sous un dôme, construit pour protéger la communauté de survivants d'un virus qui sévit à l'extérieur. Dans cette cité, les humains et les robots (autoreivs) coexistent paisiblement. Mais une série de meurtres provoqués par des robots contaminés par le virus Cogito commence à semer le désordre dans le fragile équilibre qui régit la société. Au sommet de tout cela, le gouvernement conduit des expériences secrètes sur une mystérieuse forme de vie humanoïde baptisée Proxy, qui semble être la clef d'un grand pouvoir. La série débute avec la fuite d'un Proxy des laboratoires gouvernementaux.