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L'histoire débute avec un groupe de jeunes filles possédant un pouvoir nommé 'Alice Dream', qui permet de matérialiser leur imagination. Après avoir été découvertes par un laboratoire, elles sont devenues, contre leur gré, des sujets d'expérience. Sana, une de ces filles, dont son pouvoir inclut la capacité d'ignorer les lois de la physique, réussi à s'échapper. Ensuite, elle rencontre Zouroku, un homme assez âgé qui déteste les perturbations dans sa vie quotidienne.

Saya Kisaragi est une jeune fille somme toute ordinaire vivant avec son père Tadayoshi, prêtre d'un temple shintoïste. Elle va au lycée, a des amis et est une incurable gloutonne, mais lorsque son devoir l'appelle, celle-ci part combattre des créatures appelées les Âgés (ou Anciens) avec l'épée sacrée qui se transmet dans sa famille. Cependant cet équilibre entre ses deux vies est petit à petit bouleversé lorsque son devoir rattrape son quotidien.

800 ans auparavant existait la nation Xian Le. Ce royaume était vaste et disposait de ressources considérables. Xie Lian, le prince héritier était un jeune homme talentueux qui n'était pas intéressé par le pouvoir et désirait 'sauver le monde'. Celui-ci remporta à l'âge de 17 ans, les épreuves célestes et gagna l'immortalité. Cependant, il se fit bannir deux fois du paradis et devint la risée des trois royaumes. Lors de son retour au paradis pour la troisième fois, Xie Lian fait la rencontre de Hua Cheng, le terrible roi fantôme.

Sept, un assassin capable de se déguiser en n'importe quoi et se battant à l'aide d'une paire de ciseau, tente de rassembler de l'argent afin de retrouver la mémoire.

Dans un monde où les individus exceptionnels sont applaudis, c'est la "confiance" qui crée ces super-héros. Si les gens croient qu'une personne peut voler, elle obtiendra cette capacité. Inversement, un héros ayant des pouvoirs spéciaux peut s'en voir privé, s'il perd cette confiance. Tous les deux ans, les meilleurs héros se réunissent pour participer à un tournoi. Leur performance met à jour leur "taux de confiance" et le classement évolue. Le héros absolu qui arrive en tête est appelé "X"...

Une gigantesque météorite est entrée en collision avec la Terre. De nombreuses espèces, y compris l'humanité, ont été rayés de la surface de la planète. Le gouvernement japonais, qui avait prévu cette catastrophe, a prit des mesures pour essayer de contrer le pire des scénarios. Le projet "7SEEDS", l'une de ces mesures, comporte cinq groupes de sept jeunes hommes et femmes soigneusement sélectionnés et classés en équipes : printemps, été A, été B, automne et hiver. Chaque participant a ensuite été plongé dans un sommeil cryogénique dans l'espoir de préserver la survie de l'humanité. Lorsque ces hommes et femmes se sont réveillés, ils se sont soudainement retrouvés plongés dans un monde cruel. Bien qu'anéantis par la perte de leurs proches, ils vont commencer à chercher des solutions pour survivre.

La Cité Académique est un lieu où le meilleur de la science et de la technologie sont rassemblés tout en favorisant le développement des capacités surnaturelles. Derrière cette atmosphère en apparence paisible et séduisante, se cache ce que l'on appelle le "côté obscur". Les filles connues sous le nom de code "Item" font partie de ce groupe d'élite, composé de spécialistes dans divers domaines et dirigé par Mugino Shizuri, une esper de niveau 5. Lorsqu'un nouveau membre les rejoint, le groupe se retrouve impliqué dans une histoire de conspiration qui se trame dans les souterrains de la ville...

L'histoire se déroule dans un univers où la magie et les pouvoirs surnaturels existent et se focalise autour d'un lycéen, Toma Kamijo, qui a le pouvoir d'annuler toutes magies ou pouvoirs. Toma Kamijo va faire la rencontre d'une nonne qui est poursuivie parce qu'elle a dans son cerveau une connaissance interdite...

Japon, an 2035. Grâce au Centre de Recherches en Biotechnologies Kiryû, la médecine a fait de fabuleux progrès au Pays du Soleil Levant. Mais un jour, quelque chose tourne mal et le laboratoire est englouti par une substance "consciente" : la Matière maligne. Cette dernière gagne ensuite la rivière et s'écoule dans toute la région de Kurobe, paralysant toute la zone, avant d'être stoppée juste avant d'atteindre la mer. Une catastrophe sans précédent baptisée le "Burst". Deux ans plus tard, la situation est toujours au point mort car les autorités hésitent entre détruire la Matière par le biais d'une action militaire ou trouver une issue scientifique qui préserverait une partie des avancées médicales. Aiko Tachibana, adolescente grièvement blessée dans un accident juste avant le Burst, vit et étudie à l'hôpital depuis car sa famille fait partie des victimes de la catastrophe. Un jour, elle fait la connaissance de Yûya Kanzaki, un nouvel élève bien mystérieux, qui va lui apprendre qu'elle seule est capable de mettre un terme au Burst.

Kanto et Kansai, deux régions adjacentes, se sont autrefois déchirées à l'occasion d'une guerre particulièrement violente. Le conflit prit fin lorsqu'une bombe fût lâchée sur Kansai, créant un dôme infranchissable autour de la région. Désormais, le seul moyen de quitter les lieux est d'emprunter le Shinkansen, devenu un objet sacré et révéré à Kansai. Coupée du monde, affaiblie par la guerre, la région de Kansai est progressivement devenue une zone de non-droit où les criminels, surnommés Akudama, prolifèrent. Un jour, alors qu'elle est au commissariat à la suite d'une erreur judiciaire, une citoyenne ordinaire est entrainée bien malgré elle par un groupe d'Akudama. Leur but ? Attaquer le Shinkansen et récupérer un coffre-fort qui s'y trouve.