Arknights se déroule dans le monde dystopique de Terra, un monde similaire à la Terre, à l'exception du fait que de nombreux Terriens, ou 'Anciens', possèdent des traits animaliers. Le monde de Terra est constamment ravagé par des catastrophes, forçant ses habitants à adopter une vie de nomade. Ces catastrophes ont apporté avec elles la pandémie connue sous le nom d'Oripathy, une maladie mortelle causée par l'exposition à l'Originium, un minéral cristallin laissé sur place après les catastrophes. Cependant, l'Originium est également à l'origine des Arts, une forme de magie. L'histoire est racontée du point de vue de Rhodes Island, une organisation médicale paramilitaire, dont la mission est de fournir un traitement aux personnes infectées par l'Oripathy. Nous suivons le conflit entre Rhodes Island et Reunion Movement, un acteur non étatique violent dont l'objectif est de créer une vie meilleure pour les Infectés, des individus atteints d'Oripathy, en punissant les responsables de leur sort. C'est dans ce climat que nous suivons 'Docteur', une personne devenue amnésique après s'être réveillée d'un 'long sommeil' au milieu d'une catastrophe.

Il y a 10 ans, un tremblement de terre a plongé Tokyo dans le chaos. 70% de la ville a alors été submergée par les eaux. Un collégien de 14 ans, se nommant Ganta Igarashi, s'avère être un survivant de cette terrible catastrophe, mais ne s'en souvient visiblement pas. Un jour comme tous les autres dans la salle de classe du jeune garçon, un homme rouge ayant l'air très énigmatique débarque sans prévenir, et, en arrivant par la fenêtre, il détruit en un rien de temps le lieu, puis tous ceux se trouvant dans celui-ci. A part Ganta, qui, une fois de plus, a survécu. Ce dernier est à présent tout seul... Et comme cela ne suffisait pas, lorsqu'il se réveille dans sa chambre d'hôpital, il se retrouve tout à coup accusé, sans qu'il ne sache pourquoi, et condamné à mort. Lui prétend pourtant n'avoir commis aucun meurtre, cela le bouleverse donc beaucoup, en plus de la perte de tous ses amis. Suite à cela, on finit par emmener Ganta à la prison privée Deadman Wonderland, une prison où les règles se révèlent peu ordinaires, ce qui en fait un endroit assez angoissant. Là-bas, il fera l'étrange rencontre de Shiro, une jeune fille qui a l'air de le connaître depuis longtemps et qui le considère comme un ami. Il découvrira également que depuis la disparition de tous ses proches, il possède un pouvoir inhabituel...

Depuis sa plus tendre enfance, Yukito Urabe est obligé de suivre les préceptes anormaux de la secte créée par son père. Il finit même sacrifié par ce dernier pour rendre grâce à Mitama, la déesse ultime ! Alors qu'il sombre dans les ténèbres, il est mystérieusement réincarné dans un nouveau monde. Et quel monde ! Plus de religions et plus de dieux ! Alléluia! Heureux de ce coup du sort, Yukito se croit débarrassé à jamais du divin jusqu'au jour où...

Dans le but de sauver son frère et son neveu, qui ont été kidnappés par un mystérieux groupe religieux connu sous le nom de Genuine Love Society, Yukawa Juri et sa famille lancent un sort en utilisant une pierre cachée par son grand-père pour entrer dans le monde où le temps est arrêté : Stasis. Toutefois, alors qu'ils infiltrent la base des kidnappeurs, ils rencontrent d'autres personnes qui peuvent bouger librement dans ce monde parallèle. Avec des créatures grotesques qui rôdent, pourront-ils s'échapper de ce monde parallèle et retourner à leur vie normale ?

Au début du XXème siècle, les avancées technologiques permettent aux humains d'insuffler la vie à des objets, en combinant la science et la sorcellerie, puis de les contrôler. De nombreux automates sont ainsi utilisés dans des combats. Akabane Raishin, étudiant à l'Académie Royale des Arts Mécaniques de Walpurgis, accompagné de Yaya, sa marionnette, cherche à devenir le meilleur marionnettiste du monde. L'école organise un tournoi réunissant les cent meilleurs étudiants. Cependant, les notes de Raishin ne sont pas excellente bien qu'il se débrouille magnifiquement bien en combats. De plus, il va devoir lutter contre ses camarades de classe pour atteindre son objectif.

Dans le populaire MMORPG 'Union', un groupe légendaire existe. Se nommant Subaru, ce groupe est composé d'amis d'enfance en classe élémentaire. Ces derniers cherchent à dépasser les limites du jeu avec leurs différentes capacités. Toutefois, à cause d'un accident impliquant la mort d'un des membres du groupe dans la vraie vie, 'Union' ferme ses portes et le groupe d'amis se sépare. Six ans plus tard, Haruto Amo, un ancien membre très important de Subaru, se connecte sur le nouveau MMORPG 'Reunion' et rencontre dessus une jeune fille. Cependant, il découvre qu'il s'agit d'Asahi Kuga une ancienne membre du groupe Subaru et plus particulièrement celle censée être morte il y a six ans...

Une gigantesque météorite est entrée en collision avec la Terre. De nombreuses espèces, y compris l'humanité, ont été rayés de la surface de la planète. Le gouvernement japonais, qui avait prévu cette catastrophe, a prit des mesures pour essayer de contrer le pire des scénarios. Le projet "7SEEDS", l'une de ces mesures, comporte cinq groupes de sept jeunes hommes et femmes soigneusement sélectionnés et classés en équipes : printemps, été A, été B, automne et hiver. Chaque participant a ensuite été plongé dans un sommeil cryogénique dans l'espoir de préserver la survie de l'humanité. Lorsque ces hommes et femmes se sont réveillés, ils se sont soudainement retrouvés plongés dans un monde cruel. Bien qu'anéantis par la perte de leurs proches, ils vont commencer à chercher des solutions pour survivre.

L'histoire se déroule dans un univers où la magie et les pouvoirs surnaturels existent et se focalise autour d'un lycéen, Toma Kamijo, qui a le pouvoir d'annuler toutes magies ou pouvoirs. Toma Kamijo va faire la rencontre d'une nonne qui est poursuivie parce qu'elle a dans son cerveau une connaissance interdite...

L'histoire débute avec un groupe de jeunes filles possédant un pouvoir nommé 'Alice Dream', qui permet de matérialiser leur imagination. Après avoir été découvertes par un laboratoire, elles sont devenues, contre leur gré, des sujets d'expérience. Sana, une de ces filles, dont son pouvoir inclut la capacité d'ignorer les lois de la physique, réussi à s'échapper. Ensuite, elle rencontre Zouroku, un homme assez âgé qui déteste les perturbations dans sa vie quotidienne.

En l'an 2021, l'humanité est décimée par un virus parasite nommé Gastrea, les habitants vivent constamment dans la peur et le désespoir. Ceux qui sont infectés se transforment en monstres. Les survivants sont alors forcés de vivre dans différentes zones, entourées de murs monolithes créés avec du Varanium, un métal capable de repousser les Gastreas. De cette catastrophe sont nées les « Enfants maudits », des enfants nés avec le virus du Gastrea mais qui sont capables de le contrôler et de vivre avec. Ces derniers développent des capacités spéciales liées au virus. Ainsi, des agences de « Sécurité Civile » sont alors formées pour combattre les Gastreas, chaque groupe est formé d'un Initiator qui est un enfant maudit et d'un Promoter qui le supervise. Dix ans après l'épidémie, en 2031, Rentarō Satomi, un lycéen et Promoter effectue des missions aux côtés de Enju Aihara son Initiator afin de protéger et d'empêcher... la destruction de la zone de Tokyo.