En 1986, Kinzô Ushiromiya, à la tête de la famille Ushiromiya, étant mourant, décide d'inviter les onze membres de sa famille à se rendre sur l'île privée de Rokkenjima afin de se décider sur le déroulement de son héritage. Sur cette île se trouve également cinq serviteurs, ainsi que le physicien de M. Ushiromiya. Cependant, une soudaine tempête empêchera les personnes présentes sur l'île de partir. Peu après, les personnages commencent à disparaître mystérieusement.

L'histoire se déroule aux États-Unis, en pleine prohibition. La mafia est alors une puissante organisation à laquelle il ne vaut mieux pas se frotter. Pourtant, Avilio décide d'affronter cette organisation gigantesque dans le seul et unique but de venger sa famille assassinée. Sa cible ? Le groupe pour lequel travaillait son père autrefois.

Il y a 10 ans, un tremblement de terre a plongé Tokyo dans le chaos. 70% de la ville a alors été submergée par les eaux. Un collégien de 14 ans, se nommant Ganta Igarashi, s'avère être un survivant de cette terrible catastrophe, mais ne s'en souvient visiblement pas. Un jour comme tous les autres dans la salle de classe du jeune garçon, un homme rouge ayant l'air très énigmatique débarque sans prévenir, et, en arrivant par la fenêtre, il détruit en un rien de temps le lieu, puis tous ceux se trouvant dans celui-ci. A part Ganta, qui, une fois de plus, a survécu. Ce dernier est à présent tout seul... Et comme cela ne suffisait pas, lorsqu'il se réveille dans sa chambre d'hôpital, il se retrouve tout à coup accusé, sans qu'il ne sache pourquoi, et condamné à mort. Lui prétend pourtant n'avoir commis aucun meurtre, cela le bouleverse donc beaucoup, en plus de la perte de tous ses amis. Suite à cela, on finit par emmener Ganta à la prison privée Deadman Wonderland, une prison où les règles se révèlent peu ordinaires, ce qui en fait un endroit assez angoissant. Là-bas, il fera l'étrange rencontre de Shiro, une jeune fille qui a l'air de le connaître depuis longtemps et qui le considère comme un ami. Il découvrira également que depuis la disparition de tous ses proches, il possède un pouvoir inhabituel...

Makoto Edamura est censé être le plus grand escroc du Japon. Avec l'aide de Kudo, son partenaire, ils ont essayé d'escroquer un français à Asakusa. Cependant, leur petit tour s'est retourné contre eux et ils vont désormais être obligés de travailler pour lui. Cette fameuse personne qu'ils ont essayé d'escroquer s'avère être Laurent Thierry, un «homme de confiance» contrôlant la Mafia japonaise. Edamura est loin de s'imaginer ce qui l'attend après s'être engagé dans les sales affaires du français !

Dans le but de sauver son frère et son neveu, qui ont été kidnappés par un mystérieux groupe religieux connu sous le nom de Genuine Love Society, Yukawa Juri et sa famille lancent un sort en utilisant une pierre cachée par son grand-père pour entrer dans le monde où le temps est arrêté : Stasis. Toutefois, alors qu'ils infiltrent la base des kidnappeurs, ils rencontrent d'autres personnes qui peuvent bouger librement dans ce monde parallèle. Avec des créatures grotesques qui rôdent, pourront-ils s'échapper de ce monde parallèle et retourner à leur vie normale ?

Sa capacité à détecter les mensonges a fait d'elle un officier de justice exceptionnel. Mais elle est hantée par le remords : elle était incapable de sauver ceux qu'elle aimait d'un destin horrible il y a de nombreuses années. Maintenant, elle veut utiliser son don puissant pour défendre les êtres sans défense à tout prix, même si cela veut dire qu'elle doit faire équipe avec un assassin mortel pour combattre le mal dans un monde devenu fou.

L'histoire se passe dans un monde où un jeu en ligne nommé Magical Girl Raising Project offre des pouvoirs spéciaux dans le monde réel. Seulement, ces pouvoirs ne peuvent être obtenus qu'avec de la chance : en effet, seule une personne sur dix-mille peut espérer en avoir. Pour Koyuki Himekawa, joueuse assidue qui fait partie des heureuses élues, c'est ainsi le rêve d'une vie qui prend enfin forme. Mais ce qui s'apparente à la chance d'une vie va vite se révéler bien plus nébuleux. Un jour, Fav, la mascotte du jeu qui attribue les pouvoirs, décide de réduire de moitié les Magical Girls pour les faire passer de 16 à 8, instaurant le principe d'une élimination 'au mérite', mais dont l'interprétation des règles floues semble permettre bien des largesses. Ainsi, le véritable but du jeu se dévoile et devient un jeu de survie impitoyable. Ces 16 Magical Girls vont devoir s'entretuer pour faire partie des 8 survivantes.

L'histoire nous entraîne dans le quotidien de Yukiteru Amano un jeune adolescent solitaire se renfermant sur lui-même détaché de la réalité. Il préfère se réfugier dans son monde avec ses amis imaginaires plutôt que de s'en faire de vrais dans la réalité. Seulement un jour, sa vie va basculer, lorsque Deus l'une de ses nombreuses créations se révèle être plus qu'un être imaginaire. Deus offre alors à Yukiteru la possibilité de voir dans le "futur" seulement, Deus est un dieu qui décide de céder sa place à celui qui survivra à un jeu de survie impitoyable.

Les humains ont créé plusieurs histoires. Joie, tristesse, la colère, profondes émotions. Ces histoires qui bouleversent nos émotions et nous fascinent. Si les personnages de ces histoires avaient leurs propres émotions et intentions, serions-nous des existences divines pour les avoir créé ? Notre monde a changé, dans Re:CREATORS, tout le monde devient un Créateur.

Un jeune touriste japonais se réveille enfermé dans un entrepôt, sans savoir qui il est ni où il se trouve. Dans cet endroit lugubre, une jeune femme portant un masque tente de le tuer. Il lutte alors pour sa survie contre cette jeune fille, ce "Phantom" appelé Ein. C'est sans se douter que la scène est préparée et observée par les membres d'une mystérieuse organisation, Inferno, qui veulent faire de lui le second "Phantom", Zwei... Zwei va toujours se battre avec une extraordinaire volonté de survie, possédant d'étranges capacités; cependant, ignorant tout de lui, il n'est plus qu'un "Phantom" comme Ein au service d'Inferno, dont on ignore les véritables intentions...