Il y a 10 ans, un tremblement de terre a plongé Tokyo dans le chaos. 70% de la ville a alors été submergée par les eaux. Un collégien de 14 ans, se nommant Ganta Igarashi, s'avère être un survivant de cette terrible catastrophe, mais ne s'en souvient visiblement pas. Un jour comme tous les autres dans la salle de classe du jeune garçon, un homme rouge ayant l'air très énigmatique débarque sans prévenir, et, en arrivant par la fenêtre, il détruit en un rien de temps le lieu, puis tous ceux se trouvant dans celui-ci. A part Ganta, qui, une fois de plus, a survécu. Ce dernier est à présent tout seul... Et comme cela ne suffisait pas, lorsqu'il se réveille dans sa chambre d'hôpital, il se retrouve tout à coup accusé, sans qu'il ne sache pourquoi, et condamné à mort. Lui prétend pourtant n'avoir commis aucun meurtre, cela le bouleverse donc beaucoup, en plus de la perte de tous ses amis. Suite à cela, on finit par emmener Ganta à la prison privée Deadman Wonderland, une prison où les règles se révèlent peu ordinaires, ce qui en fait un endroit assez angoissant. Là-bas, il fera l'étrange rencontre de Shiro, une jeune fille qui a l'air de le connaître depuis longtemps et qui le considère comme un ami. Il découvrira également que depuis la disparition de tous ses proches, il possède un pouvoir inhabituel...

L'histoire nous entraîne dans le quotidien de Yukiteru Amano un jeune adolescent solitaire se renfermant sur lui-même détaché de la réalité. Il préfère se réfugier dans son monde avec ses amis imaginaires plutôt que de s'en faire de vrais dans la réalité. Seulement un jour, sa vie va basculer, lorsque Deus l'une de ses nombreuses créations se révèle être plus qu'un être imaginaire. Deus offre alors à Yukiteru la possibilité de voir dans le "futur" seulement, Deus est un dieu qui décide de céder sa place à celui qui survivra à un jeu de survie impitoyable.

L'histoire se déroule aux États-Unis, en pleine prohibition. La mafia est alors une puissante organisation à laquelle il ne vaut mieux pas se frotter. Pourtant, Avilio décide d'affronter cette organisation gigantesque dans le seul et unique but de venger sa famille assassinée. Sa cible ? Le groupe pour lequel travaillait son père autrefois.

Un garçon nommé Toru Kokonoe décide, après avoir perdu une personne chère à ses yeux dans un incident terrifiant, de devenir plus fort et s'inscrit dans une école spéciale qui enseigne des compétences de combat qui utilisent un système de partenariat nommé « Duo » où les gens manifestent leurs âmes sous la forme d'armes appelées Blaze. Toru est capable de produire son propre Blaze, mais pour une quelconque raison il se manifeste comme un bouclier à la place d'une arme. En raison de cela, il va vivre avec Yurie Sigtuna, une magnifique jeune fille aux cheveux argentés.

Sisti, une jeune magicienne intègre une académie de magie reconnue pour aiguiser ses compétences et résoudre le mystère du château dans le ciel (Sky Castle). Alors que son professeur préféré part en retraite, ce dernier est remplacé par Glen, un paresseux qui ne possède aucune compétence pour enseigner. Elle se pose alors une question : "Comment le meilleur magicien de cette académie a pu recruter un tel énergumène ?"

Hotaru Tachibana est une fille qui se fait passer pour un garçon. Dû à des circonstances liées aux retrouvailles avec son voisin Masamune Matsuoka, elle se retrouve dans des sortes de parties d'air soft, avec également un auteur d'ero-manga (hentai), où elle se découvre d'incroyables capacités pour cette pratique. Après avoir pris de l'affection pour cette pratique, elle va y retourner plusieurs fois et va rencontrer de nombreux adversaires plus forts les uns que les autres.

Dans un monde parallèle, aucune fille n'est née au sein du clan Hime depuis de nombreuses années, ce qui devient un vrai problème lorsqu'il faut remplacer la princesse du clan. Le jeune Arata se trouve alors contraint de se déguiser en femme afin de pouvoir devenir la nouvelle princesse de son clan et éviter ainsi sa destruction. Pendant la cérémonie où Arata devient la nouvelle "princesse", il assiste à l'assassinat de sa prédécesseure! Il est alors accusé injustement du meurtre de cette dernière et se voit obligé de fuir et de se réfugier dans une étrange forêt... Les choses se compliquent d'autant plus qu'au même moment, dans le Japon moderne de notre monde, un jeune lycéen du même nom que lui (Arata), se retrouve propulsé dans cet autre monde qu'il ne connaît pas, s'incarnant dans le corps de l'autre Arata qui est pourchassé par les gardes du clan Hime.

Prisonnier à l'intérieur d'un iceberg pendant un siècle, Aang, maître de l'air d'une douzaine d'années, est libéré des glaces par deux jeunes membres de la tribu de l'eau du pôle Sud. Aang a une destinée hors du commun : il est l'Avatar, chargé de maintenir l'équilibre entre les maîtres des quatre éléments. Ceux-ci sont répartis en quatre civilisations : les tribus de l'eau, le royaume de la terre, la nation du feu et les nomades de l'air. Toutefois, sa tâche se complique lorsqu'il découvre que la nation du feu a profité des cent ans passés pour semer la guerre et la destruction. Et ce, pour étendre son emprise sur les trois autres peuples. Aang est le seul à pouvoir rétablir l'ordre au sein de l'univers. Néanmoins, il doit commencer par apprendre à maîtriser les trois autres éléments. C'est le seul moyen d'atteindre son but. Il commencera par l'eau, ensuite la terre et enfin le feu.

Baki Hanma, à peine treize ans et le voilà dans une arène où cent combatstants l'attendent de pieds ferme. Mais ce n'est qu'un échauffement, il n'a pas l'ambition d'en rester là. Pour lui, le combats représente une grande part de sa vie et il fera tout son possible pour atteindre le niveau de son père, à qui il voue une admiration sans limite. Et pour cause ! Yujiro Hanma, qu'on appelle également "l'Ogre", est considéré comme l'homme le plus fort du monde, et pas que dans les arts martiaux...

L'histoire nous entraîne dans le quotidien de Akira Shiroyanagi, un lycéen adorant les jeux vidéo et les sucreries. Un matin, il est soudainement entraîné sur un champ de bataille par une mystérieuse jeune fille répondant au nom de Mion. Les participants, dont Akira, vont rapidement apprendre qu'ils ont été "effacés du registre de leur famille, impliqués dans une expérience et qu'ils possèdent désormais des pouvoirs". Akira va donc devoir utiliser ses nouveaux pouvoirs pour survivre et détruire l'organisation derrière cette expérience.