Lin est une jeune fille noble dont la mère est décédée il y a deux ans. Alors que son père, malade et incapable d'accepter la mort de sa femme, sort en pleine nuit, Lin décide de le suivre et se retrouve au beau milieu d'un meurtre. Elle va alors faire la rencontre d'Arne, un vampire détective qui manipule les pouvoirs surnaturels. Ils vont devoir agir ensemble pour résoudre ce macabre mystère !

Saya Kisaragi est une jeune fille somme toute ordinaire vivant avec son père Tadayoshi, prêtre d'un temple shintoïste. Elle va au lycée, a des amis et est une incurable gloutonne, mais lorsque son devoir l'appelle, celle-ci part combattre des créatures appelées les Âgés (ou Anciens) avec l'épée sacrée qui se transmet dans sa famille. Cependant cet équilibre entre ses deux vies est petit à petit bouleversé lorsque son devoir rattrape son quotidien.

Depuis un accident survenu à l'âge de 9 ans, Shiki Tohno voit en permanence les "lignes de la mort" : en tranchant dans ces lignes au couteau, il est capable de découper n'importe quoi... et n'importe qui. Une magicienne lui fit alors don d'une paire de lunettes qui lui permet de ne plus voir ces lignes. À sa sortie de l'hôpital, son père décida de le placer dans une famille d'accueil, où il demeura jusqu'à ses 17 ans, âge auquel il apprend le décès de son père. Shiki retourne alors dans la demeure familiale où l'attend sa sœur, Akiha, devenue l'héritière de la famille. Peu après son retour, Shiki croise le chemin d'une jeune fille, Arcueid Brunestud, qu'il poursuit et découpe en morceaux à l'aide de son pouvoir. Il ne se souvient pas de la manière dont il est rentré dans la demeure familiale, et pense qu'il s'agit d'un mauvais cauchemar... mais le lendemain, Arcueid réapparaît devant lui, et lui rafraîchit la mémoire. Sa résurrection l'ayant affaiblie, elle veut entraîner Shiki avec elle à la poursuite d'un vampire qui sévit depuis peu dans la ville. Au fur et à mesure de son histoire, Shiki vas découvrir les secrets que cache sa famille et découvrir qui est vraiment Arcueid Brunestud.

Duo connu de détectives, Yuuki Shinjurou et Inga ne se lassent pas de résoudre des énigmes. L'un est surnommé "Le Dernier Grand Détective", notamment grâce à son intelligence. L'autre ne fait que l'aider dans ses réflexions. Ils n'ont jamais perdu face aux différents mystères. C'est ce qu'ils souhaiteraient croire et faire croire aux autres, néanmoins rien de tout cela n'est vrai... En tout cas, ce qui est certain, c'est qu'ils ont souvent affaire à des surprises au cours de leurs enquêtes!

1969 : Un groupe d'enfants se retrouve régulièrement dans une base secrète ; sous l'impulsion de Kenji Endô, les enfants inventent une histoire de science-fiction racontant la destruction de l'humanité par une organisation maléfique à laquelle ils s'opposaient pour finir par devenir les sauveurs du monde. Ils consignent cette histoire dans un Cahier de Prédictions. 1997 : Kenji dirige depuis un convini et porte constamment sur le dos le bébé que sa sœur lui a confié avant de disparaître mystérieusement. La mort d'un ami d'enfance va réunir la bande de copains qui, lorsqu'ils avaient dix ans, construisaient le monde avec des yeux d'enfants. Ami, le gourou d'une secte, va croiser le chemin de nos amis sans raison apparente... mais pourtant il semble être en étroite relation avec leur passé...

L'histoire débute avec un groupe de jeunes filles possédant un pouvoir nommé 'Alice Dream', qui permet de matérialiser leur imagination. Après avoir été découvertes par un laboratoire, elles sont devenues, contre leur gré, des sujets d'expérience. Sana, une de ces filles, dont son pouvoir inclut la capacité d'ignorer les lois de la physique, réussi à s'échapper. Ensuite, elle rencontre Zouroku, un homme assez âgé qui déteste les perturbations dans sa vie quotidienne.

L'histoire se déroule autour de Shōtarō Tatewaki qui est un lycéen normal et sérieux et de Sakurako Kujō qui est belle femme riche spécialisée dans l'analyse de squelette humain. Ensemble, ils vont résoudre des diverses enquêtes qui en général tournent autour de personnes mortes de diverses manières. Cette histoire suit ces deux personnes au travers d'enquêtes.

Un étrange champ de force d'origine inconnue s'est dressé autour de Tokyo il y a dix ans. On l'appelle 'la porte des enfers' (Hell's gate). La semaine suivant cette apparition, la police découvre l'existence d'êtres surnaturels : les Contractors, êtres d'apparence humaine possédant des pouvoirs surhumains, et les Dolls, générés par un programme. Pour n'éveiller aucune panique de la part des habitants de Tokyo, une section, la 'quatrième section des Affaires Étrangères', dont fait partie l'agent Kirihara Misaki, s'occupe d'effacer la mémoire de tout habitant entrant en contact avec un Contractor. Une scientifique du nom de Shinoda Chiaki ayant fait une thèse à propos de la porte se retrouve poursuivie par la police qui veut lui effacer la mémoire. Elle rencontre alors Li, un chinois qui vient d'emménager à Tokyo, qui la protège des Contractors et de la police. Cet homme semble lié à un homme mystérieux vouant une haine plus sombre que le noir aux Contractors.

Il y a 10 ans, un tremblement de terre a plongé Tokyo dans le chaos. 70% de la ville a alors été submergée par les eaux. Un collégien de 14 ans, se nommant Ganta Igarashi, s'avère être un survivant de cette terrible catastrophe, mais ne s'en souvient visiblement pas. Un jour comme tous les autres dans la salle de classe du jeune garçon, un homme rouge ayant l'air très énigmatique débarque sans prévenir, et, en arrivant par la fenêtre, il détruit en un rien de temps le lieu, puis tous ceux se trouvant dans celui-ci. A part Ganta, qui, une fois de plus, a survécu. Ce dernier est à présent tout seul... Et comme cela ne suffisait pas, lorsqu'il se réveille dans sa chambre d'hôpital, il se retrouve tout à coup accusé, sans qu'il ne sache pourquoi, et condamné à mort. Lui prétend pourtant n'avoir commis aucun meurtre, cela le bouleverse donc beaucoup, en plus de la perte de tous ses amis. Suite à cela, on finit par emmener Ganta à la prison privée Deadman Wonderland, une prison où les règles se révèlent peu ordinaires, ce qui en fait un endroit assez angoissant. Là-bas, il fera l'étrange rencontre de Shiro, une jeune fille qui a l'air de le connaître depuis longtemps et qui le considère comme un ami. Il découvrira également que depuis la disparition de tous ses proches, il possède un pouvoir inhabituel...

L'histoire débute avec l'arrivée de deux personnages, Takashi et Machiko, dans un bar étrange. Ils ne se souviennent même pas comment ils sont arrivés ici, et le maître des lieux, Decim, ne répond quasiment pas à leurs questions, leur imposant de jouer à un jeu. N'ayant pas d'autre choix, les voici entraînés dans une suite d'événements inattendus qui devraient révéler leur vraie nature que Decim jugera en conséquence. "Bienvenue au Quindecim".