Saya Kisaragi est une jeune fille somme toute ordinaire vivant avec son père Tadayoshi, prêtre d'un temple shintoïste. Elle va au lycée, a des amis et est une incurable gloutonne, mais lorsque son devoir l'appelle, celle-ci part combattre des créatures appelées les Âgés (ou Anciens) avec l'épée sacrée qui se transmet dans sa famille. Cependant cet équilibre entre ses deux vies est petit à petit bouleversé lorsque son devoir rattrape son quotidien.

Il y a 10 ans, un tremblement de terre a plongé Tokyo dans le chaos. 70% de la ville a alors été submergée par les eaux. Un collégien de 14 ans, se nommant Ganta Igarashi, s'avère être un survivant de cette terrible catastrophe, mais ne s'en souvient visiblement pas. Un jour comme tous les autres dans la salle de classe du jeune garçon, un homme rouge ayant l'air très énigmatique débarque sans prévenir, et, en arrivant par la fenêtre, il détruit en un rien de temps le lieu, puis tous ceux se trouvant dans celui-ci. A part Ganta, qui, une fois de plus, a survécu. Ce dernier est à présent tout seul... Et comme cela ne suffisait pas, lorsqu'il se réveille dans sa chambre d'hôpital, il se retrouve tout à coup accusé, sans qu'il ne sache pourquoi, et condamné à mort. Lui prétend pourtant n'avoir commis aucun meurtre, cela le bouleverse donc beaucoup, en plus de la perte de tous ses amis. Suite à cela, on finit par emmener Ganta à la prison privée Deadman Wonderland, une prison où les règles se révèlent peu ordinaires, ce qui en fait un endroit assez angoissant. Là-bas, il fera l'étrange rencontre de Shiro, une jeune fille qui a l'air de le connaître depuis longtemps et qui le considère comme un ami. Il découvrira également que depuis la disparition de tous ses proches, il possède un pouvoir inhabituel...

Shûichi Kagaya, un lycéen jusqu'ici sans histoires devient subitement capable de se transformer en un gigantesque "monstre" aux capacités hors normes. Il sauve ainsi la vie de Claire coincée dans une maison en feu. Mais Claire découvre son secret et également qu'elle a la possibilité de se faufiler, par le biais d'une fermeture éclair, dans la mascotte incarnée par Shuîchi. Et si Shuîchi n'était pas le seul dans ce cas !? Qu'est-ce qui attend ces deux lycéens désormais liés par le destin !? Leur plus grand combats est sur le point de commencer !! Ne faisons plus qu'un... à la vie, à la mort !

Shintarô Jagasaki est un policier de quartier vivant une vie ennuyeuse, qui s'imagine tirer sur tous ceux qui l'énervent. Et suite à la pluie de grenouilles qui a déferlé sur la ville, certains humains commencent à perdre la raison, devenant des monstres à l'image de leurs désirs : les humains brisés. Choisi par l'étrange chouette Doku-chan, Shintarô va devenir Jagaaan, l'humain brisé à la gâchette facile !

L'histoire se déroule dans un monde chaotique où les humains tentent tant bien que mal de survivre face à une menace grandissante : les Kabane. Ces derniers, dont le cœur est en acier, dévorent tous les humains qu'ils croisent. Afin de se préserver de cette menace, les populations se sont réfugiées dans d'immenses forteresses baptisées stations, reliées entre elle par des trains blindés, les Hayajiro. Ikoma, qui a autrefois fuit face aux Kabane, vit désormais dans l'une de ces forteresses. Mais, à présent, il a la ferme intention de lutter pour survivre.

Un groupe d'étranges personnes atterrissent à la gare de Tokyo. Ils se font appelés les "Jaegers" et sont des chasseurs de vampires. Parmi eux, il y a Yuliy, un loup-garou doté d'une sérénité flagrante et d'une aura inhabituelle, dont le village natal a été détruit par des vampires. Ces derniers s'engagent dans une bataille mortelle pour la mystérieuse "Arche de Sirius", ils ne savent cependant pas ce qui se cache à cet endroit.

Deux ans après les événements qui ont impliqué les goules du 20ème et le CCG, on suit Haise Sasaki, un inspecteur du CCG et son équipe, assignés pour traquer une goule sans scrupule qui se fait passer pour un chauffeur de taxi. Si on fait appel à eux pour ce cas, c'est parce qu'ils possèdent des caractéristiques bien précises...

L'histoire débute avec un groupe de jeunes filles possédant un pouvoir nommé 'Alice Dream', qui permet de matérialiser leur imagination. Après avoir été découvertes par un laboratoire, elles sont devenues, contre leur gré, des sujets d'expérience. Sana, une de ces filles, dont son pouvoir inclut la capacité d'ignorer les lois de la physique, réussi à s'échapper. Ensuite, elle rencontre Zouroku, un homme assez âgé qui déteste les perturbations dans sa vie quotidienne.

Dès sa naissance, Richard, héritier de la prestigieuse famille d'York, est un enfant maudit. Né hermaphrodite, il est rejeté et haï par une mère qui considère sa venue au monde comme une punition du ciel. Seule lueur d'espoir dans cette enfance tourmentée, la présence d'un père qui lui voue un amour inconditionnel. Mais la vie du jeune Richard bascule quand son père s'engage dans un conflit avec les Lancaster pour faire valoir ses droits au trône. De cette guerre des Deux-Roses va émerger un monstre politique, un tyran sanguinaire qui marquera de son empreinte l'histoire de l'Angleterre...

Un étrange champ de force d'origine inconnue s'est dressé autour de Tokyo il y a dix ans. On l'appelle 'la porte des enfers' (Hell's gate). La semaine suivant cette apparition, la police découvre l'existence d'êtres surnaturels : les Contractors, êtres d'apparence humaine possédant des pouvoirs surhumains, et les Dolls, générés par un programme. Pour n'éveiller aucune panique de la part des habitants de Tokyo, une section, la 'quatrième section des Affaires Étrangères', dont fait partie l'agent Kirihara Misaki, s'occupe d'effacer la mémoire de tout habitant entrant en contact avec un Contractor. Une scientifique du nom de Shinoda Chiaki ayant fait une thèse à propos de la porte se retrouve poursuivie par la police qui veut lui effacer la mémoire. Elle rencontre alors Li, un chinois qui vient d'emménager à Tokyo, qui la protège des Contractors et de la police. Cet homme semble lié à un homme mystérieux vouant une haine plus sombre que le noir aux Contractors.