L'histoire débute avec un groupe de jeunes filles possédant un pouvoir nommé 'Alice Dream', qui permet de matérialiser leur imagination. Après avoir été découvertes par un laboratoire, elles sont devenues, contre leur gré, des sujets d'expérience. Sana, une de ces filles, dont son pouvoir inclut la capacité d'ignorer les lois de la physique, réussi à s'échapper. Ensuite, elle rencontre Zouroku, un homme assez âgé qui déteste les perturbations dans sa vie quotidienne.

Saya Kisaragi est une jeune fille somme toute ordinaire vivant avec son père Tadayoshi, prêtre d'un temple shintoïste. Elle va au lycée, a des amis et est une incurable gloutonne, mais lorsque son devoir l'appelle, celle-ci part combattre des créatures appelées les Âgés (ou Anciens) avec l'épée sacrée qui se transmet dans sa famille. Cependant cet équilibre entre ses deux vies est petit à petit bouleversé lorsque son devoir rattrape son quotidien.

Un étrange champ de force d'origine inconnue s'est dressé autour de Tokyo il y a dix ans. On l'appelle 'la porte des enfers' (Hell's gate). La semaine suivant cette apparition, la police découvre l'existence d'êtres surnaturels : les Contractors, êtres d'apparence humaine possédant des pouvoirs surhumains, et les Dolls, générés par un programme. Pour n'éveiller aucune panique de la part des habitants de Tokyo, une section, la 'quatrième section des Affaires Étrangères', dont fait partie l'agent Kirihara Misaki, s'occupe d'effacer la mémoire de tout habitant entrant en contact avec un Contractor. Une scientifique du nom de Shinoda Chiaki ayant fait une thèse à propos de la porte se retrouve poursuivie par la police qui veut lui effacer la mémoire. Elle rencontre alors Li, un chinois qui vient d'emménager à Tokyo, qui la protège des Contractors et de la police. Cet homme semble lié à un homme mystérieux vouant une haine plus sombre que le noir aux Contractors.

Il y a 10 ans, un tremblement de terre a plongé Tokyo dans le chaos. 70% de la ville a alors été submergée par les eaux. Un collégien de 14 ans, se nommant Ganta Igarashi, s'avère être un survivant de cette terrible catastrophe, mais ne s'en souvient visiblement pas. Un jour comme tous les autres dans la salle de classe du jeune garçon, un homme rouge ayant l'air très énigmatique débarque sans prévenir, et, en arrivant par la fenêtre, il détruit en un rien de temps le lieu, puis tous ceux se trouvant dans celui-ci. A part Ganta, qui, une fois de plus, a survécu. Ce dernier est à présent tout seul... Et comme cela ne suffisait pas, lorsqu'il se réveille dans sa chambre d'hôpital, il se retrouve tout à coup accusé, sans qu'il ne sache pourquoi, et condamné à mort. Lui prétend pourtant n'avoir commis aucun meurtre, cela le bouleverse donc beaucoup, en plus de la perte de tous ses amis. Suite à cela, on finit par emmener Ganta à la prison privée Deadman Wonderland, une prison où les règles se révèlent peu ordinaires, ce qui en fait un endroit assez angoissant. Là-bas, il fera l'étrange rencontre de Shiro, une jeune fille qui a l'air de le connaître depuis longtemps et qui le considère comme un ami. Il découvrira également que depuis la disparition de tous ses proches, il possède un pouvoir inhabituel...

Il y a plusieurs années, une mystérieuse forme de vie nommée Gadoll a presque exterminée l'humanité. Le reste de l'humanité habite désormais dans Deca-dence, une immense forteresse mouvante de 3000 mètres de haut construite pour faire face à la menace des Gadoll. Les habitants de Deca-dence se divisent en deux catégories : les Gears, des guerriers combatstant quotidiennement les Gadoll et les Tankers, des personnes ne possédant pas les compétences pour se mesurer à ces monstres. Un jour, Natsume, une Tankers qui rêve de devenir une Gears, fait la rencontre de Kaburagi, un réparateur d'armure. L'une est une fille positive qui n'abandonne jamais ses rêves et l'autre un homme réaliste qui a abandonné les siens. Cette rencontre fortuite finira par ébranler le futur de ce monde.

Japon, Tokyo. Le quartier d'Ikebukuro est un lieu étrange où persiste une curieuse légende urbaine : une motarde sans tête circulerait dans les rues du quartier, juchée sur une moto sans phares ni lumières. Mikado Ryûgamine est un jeune lycéen ayant fraîchement aménagé dans le quartier sur les conseils de son vieil ami, Masaomi Kida. Mais alors alors qu'il découvre Ikebukuro et ses légendes urbaines, il est surpris par l'attitude de Kida lorsqu'une personne évoque devant lui les guerres de gangs qui faisaient rage dans le quartier environ un an plus tôt. Un passé d'autant plus préoccupant qu'un nouveau gang, baptisé 'Dollars' semble se développer à très grande vitesse dans le quartier.

Nous suivons les péripéties d'une mystérieuse jeune fille, accompagnée d'un jeune moine et d'un démon médecin. A eux trois, ils résolvent les problèmes des humains et guérissent les maladies causées par les démons et fantômes.

Dans la ville de Fuuto, les criminels utilisent des dispositifs de type USB appelés Gaia Memories leur permettant de se transformer en monstres surpuissant appelés Dopants, faisant des ravages dans la ville. Cependant, il existe des héros qui utilisent les mêmes dispositifs pour combattre ces criminels, dont le détective et dur à cuire Shoutarou Hidari. Avec son partenaire spirituel Philip, les deux se transforment en Kamen Rider W, le héros légendaire de la ville de Fuuto. Après la chute du Musée, les organisations responsables des crimes, de la production et de la distribution de Gaia Memories ont cessés leurs activités. Cependant, les restes de Gaia Memories sont vendus sur le marché noir à des prix élevés. Ainsi, les deux héros de l'Agence Narumi reçoivent de plus en plus de clients qui prétendent faire l'expérience de phénomènes surnaturels. Sachant que la nature de la tâche est difficile, Kamen Rider W promet que ceux qui ont blessés la ville de Fuuto compteront leurs péchés.

Shûichi Kagaya, un lycéen jusqu'ici sans histoires devient subitement capable de se transformer en un gigantesque "monstre" aux capacités hors normes. Il sauve ainsi la vie de Claire coincée dans une maison en feu. Mais Claire découvre son secret et également qu'elle a la possibilité de se faufiler, par le biais d'une fermeture éclair, dans la mascotte incarnée par Shuîchi. Et si Shuîchi n'était pas le seul dans ce cas !? Qu'est-ce qui attend ces deux lycéens désormais liés par le destin !? Leur plus grand combats est sur le point de commencer !! Ne faisons plus qu'un... à la vie, à la mort !

L'histoire se déroule dans un monde où certaines personnes sont nées avec un pouvoir spécial appelé "minimum". L'équipe de détectives Hamatora est composé de deux utilisateurs de ce pouvoir : Nice et Murasaki. Un jour, alors qu'ils travaillaient à Yokohama, ils tombent sur des infos concernant un dangereux serial killer recherché par un de leurs amis. Mais rapidement, il s'avère que ce tueur ne s'attaque qu'aux gens comme eux, qui sont nés avec un pouvoir.