Très jeune, Uryû Kamihate a perdu sa mère des suites d'une maladie. Depuis, il n'a qu'un seul objectif : intégrer le prestigieux département de médecine de l'université de Kyôto. Sans le sou et n'ayant aucun autre endroit où aller, il accepte de venir vivre au sanctuaire Amagami... sans savoir qu'il devra cohabiter avec les trois petites filles du prêtre : la douce mais tête en l'air Yae, l'espiègle Asahi, et la fervente Yuna au caractère de feu. La situation n'étant cependant pas assez compliquée comme ça, Uryû apprend que s'il veut pouvoir rester, il va devoir accepter d'épouser l'une d'elles !

Du collège, Futaba Yoshioka n'a pas vraiment de bon souvenirs. Jugée "très mignonne", elle avait rapidement été jalousée par ses amies et mise à l'écart par toutes les autres filles. De plus, le garçon qu'elle aimait en secret, Kô Tanaka, lui avait posé un lapin alors qu'il l'avait invité. Désormais au lycée, Futaba est bien décidée à changer son image et à repartir de zéro : nouvel établissement, nouvelles amies... Jusqu'à ce qu'elle découvre que Kô est inscrit dans le même établissement qu'elle.

On suit le quotidien de la jeune Akira Tachibana et celui de son entourage. Cette dernière a des sentiments pour son manager de 45 ans mais il est persuadé qu'elle est systématiquement en colère contre lui. Il y a aussi son camarade de classe, Yoshizawa, qui ne la lâche pas d'une semelle dès qu'il en a l'occasion mais se fait toujours lamentablement ignorer. Sa kohai, qu'Akira encourage dès qu'elle peut et qui est presque aussi bonne qu'elle ne l'était en course. Et puis il y a aussi ses amies au lycée ou encore ses collègues de travail !

Moritaka Mashiro est un étudiant de neuvième année qui a un talent inné pour le dessin et Akito Takagi, le meilleur élève de sa classe veut devenir mangaka. Après beaucoup d'argumentation, Takagi convainc Mashiro de s'associer pour créer ensemble le meilleur manga que le Japon n'ait jamais eu. Takagi avec son don pour l'écriture espère devenir un très grand mangaka et Mashiro avec son talent pour le dessin espère se marier avec la fille de ses rêves, Azuki Miho.

L'histoire prend place dans le lycée Kōdo Ikusei, une école prestigieuse dotée d'installations ultramodernes où 100% des étudiants vont ensuite à l'université ou entrent dans la vie active. Les élèves ont une liberté totale, ils peuvent avoir la coupe de cheveux qu'ils désirent et apporter n'importe quel bien personnel dans l'établissement. Kōdo Ikusei est comme le paradis, mais seulement en apparence, en effet seulement les étudiants avec de bons résultats reçoivent ce genre de traitement. Dans cette école, chaque mois, selon les notes et le comportement d'une classe, celle-ci se voit attribuer un nombre de points en conséquence. Ces points permettent l'achat en tout genre au sein de l'école (nourriture, jeux, consoles, ...). De plus chaque groupe est classé en fonction du nombre de points reçus. Kiyotaka Ayanokōji est un élève de la classe D, regroupant les pires élèves de l'établissement, ceux avec les résultats les plus mauvais. Pour une certaine raison, Kiyotaka a été négligent durant les examens d'entrée et a donc été placé dans cette fameuse classe. Après avoir rencontré Suzune Horikita et Kikyō Kushida, deux élèves de sa classe, Kiyotaka Ayanokōji et ses nouvelles camarades décident ensemble de coopérer afin d'améliorer les notes de leur classe et essayeront d'atteindre les classes supérieures.

Yoshino, petite-fille du boss du plus grand clan de yakuzas d'Osaka, a été élevée au cœur de la pègre. Une éducation qui lui a mis du plomb dans la tête, mais qui ne l'a pas empêchée de mener une vie paisible. Jusqu'au jour où son grand-père décide de la fiancer avec le très avenant Kirishima, petit-fils d'un puissant clan rival tokyoïte en vue d'unir les deux familles. Embarquée dans ces fiançailles arrangées, Yoshino accepte d'aller vivre à Tokyo afin d'apprendre à le connaître, sans se douter que cet individu dissimule derrière son sourire une personnalité très spéciale...

Alors qu'il assiste au récital de ballet de sa soeur, Junpei, peu passionné par ce qui se passe dans la salle, s'endort. Il est soudainement réveillé quand sa sœur laisse place sur les planches à un jeune homme, dont la technique et la grâce l'interpellent. En voyant ce garçon danser sur scène, il a une révélation : lui aussi, il souhaite s'y mettre. Cependant, la vie ne sera pas tendre avec lui et une tragédie le fera douter de sa motivation...

Il y a trois ans, un énorme vaisseau extra-terrestre apparut au-dessus de la capitale japonaise. Depuis ce jour, quelque chose a changé, mais quoi ? Aucune arme, aucun arsenal n'est parvenu à écorcher le vaisseau-mère bien que ses navettes se fassent abattre régulièrement sans aucune difficultés et l'économie du Japon s'est effondrée. Le JSDF a alors été engagé afin de combattre la menace extra-terrestre dans tout le pays. Les États-Unis se sont également joint à la partie, mais d'une façon bien plus agressive, divisant alors le Japon selon le fameux article numéro 9 de la constitution. Pourtant, tout ceci pourrait n'être qu'une simple histoire de collégiens...

Natsuo Fujii est amoureux de sa professeur, Hina. Tentant d'oublier ses sentiments envers elle, Natsuo se rend à un goukon avec ses camarades de classe où il rencontre une étrange fille nommée Rui Tachibana. Dans un étrange retournement de situation, Rui l'invite à venir chez elle pour une raison bien précise : avoir des relations sexuelles avec elle. Bien qu'il n'y ait aucun sentiment amoureux derrière l'acte, Natsuo accepte avec hésitation. Suite à cette rencontre inhabituelle, Natsuo fait face à un nouveau problème. Avec le remariage de son père, il se retrouve avec deux demi-sœurs, qu'il connaît très bien. Ces deux personnes ne sont autres que Hina et Rui ! Vivant maintenant sous le même toit que la personne qu'il aime et celle avec qui il a eu sa "première fois", Natsuo se retrouve dans un triangle amoureux inattendu.

Kaguya Shinomiya, vice-présidente du conseil des élèves ne voit pas l'amour comme tout le monde. Pour elle, c'est un combats qu'elle doit livrer avec la personne dont elle est amoureuse, Miyuki Shirogane, qui n'est autre que le président du conseil des élèves et qui partage une vision de l'amour assez similaire. Bien que tous les deux éprouvent des sentiments réciproques, leur orgueil fait que le premier qui osera se déclarer devra alors se soumettre à l'autre..