Un garçon nommé Toru Kokonoe décide, après avoir perdu une personne chère à ses yeux dans un incident terrifiant, de devenir plus fort et s'inscrit dans une école spéciale qui enseigne des compétences de combat qui utilisent un système de partenariat nommé « Duo » où les gens manifestent leurs âmes sous la forme d'armes appelées Blaze. Toru est capable de produire son propre Blaze, mais pour une quelconque raison il se manifeste comme un bouclier à la place d'une arme. En raison de cela, il va vivre avec Yurie Sigtuna, une magnifique jeune fille aux cheveux argentés.

L'histoire se passe au cours de l'année 2046, dans un monde où le virtuel est omniprésent, notamment grâce aux "neuro-linkers". Le personnage principal se nomme Haruyuki, ou plus simplement Haru pour ses proches, et est le souffre douleur des caïds de son lycée. Son seul plaisir est un jeu virtuel ressemblant au squash, dans lequel il excelle... jusqu'au jour où il est battu par une mystérieuse jeune fille. Cette dernière s'avère être Kuroyukihime, une des membres du Conseil des élèves. Si elle a battu son score, c'est pour lui demander de l'aide. Haru étant quelque peu hésitant, elle lui présente un curieux jeu, "Brain Burst", qui s'avère être bien plus qu'un simple jeu. En effet, ceux qui possèdent ce logiciel sont capables de se transférer dans un monde virtuel où 1 seconde du monde réel correspond à 16 minutes et 40 secondes. Cela s'appelle "accélérer". Mais pour conserver ce pouvoir, il faut combattre, et gagner des points. L'aventure de Haru dans ce nouveau monde ne fait que commencer.

Sisti, une jeune magicienne intègre une académie de magie reconnue pour aiguiser ses compétences et résoudre le mystère du château dans le ciel (Sky Castle). Alors que son professeur préféré part en retraite, ce dernier est remplacé par Glen, un paresseux qui ne possède aucune compétence pour enseigner. Elle se pose alors une question : "Comment le meilleur magicien de cette académie a pu recruter un tel énergumène ?"

L'Académie Myôjô est une prestigieuse école privée qui réunit primaire, collège, lycée et université. Au sein de cette académie, il existe une classe spécial, la 'Black Class', qui ne compte que 13 lycéennes. C'est là que Tokaku Azuma, assassin entrainée depuis son plus jeune âge, rencontre sa nouvelle cible : Haru Ichinose. Mais Tokaku n'est pas la seule à vouloir assassiner Haru : toutes les filles de la classe, à l'exception de la cible, sont des assassins hors pairs.

Au printemps, deux jeunes filles se rencontrent : Mato Kuroi et Yomi Takanashi. Malgré leurs deux personnalités très opposées, elles vont vite devenir amies. Mais dans un monde parallèle, elles sont Black Rock Shooter et DeadMaster, deux guerrières qui se livrent un ultime combats. Peu de temps après, une jeune fille aux yeux rouges qui prétend s'appeler Black Gold Saw apparait et se lance elle aussi dans la bataille et compte bien les éliminer toutes les deux.

Saya Kisaragi est une jeune fille somme toute ordinaire vivant avec son père Tadayoshi, prêtre d'un temple shintoïste. Elle va au lycée, a des amis et est une incurable gloutonne, mais lorsque son devoir l'appelle, celle-ci part combattre des créatures appelées les Âgés (ou Anciens) avec l'épée sacrée qui se transmet dans sa famille. Cependant cet équilibre entre ses deux vies est petit à petit bouleversé lorsque son devoir rattrape son quotidien.

Depuis longtemps, Yûya Tenjô est victime de harcèlement. Il va au lycée tout en vivant seul dans la maison de son défunt grand-père. Malgré les violentes agressions qu'il subit, il trouve toujours du réconfort pendant les longues vacances. Pendant cette période, alors qu'il nettoie la maison, il décide également de nettoyer la pièce où son grand-père conserve les objets qu'il a collectés tout au long de sa vie. Une pièce dans laquelle Yûya n'est jamais entré auparavant. En essayant d'organiser les objets collectés par son grand-père, il trouve une mystérieuse porte qui semble avoir été découpée dans le mur. Par curiosité, il décide de l'ouvrir et découvre que cette porte l'emmène dans un autre monde où la magie existe.

Il y a bien longtemps, les gens vivaient dans la terreur, gouvernés par un horrible démon. Cependant, un héros légendaire vint mettre fin à l'horrible règne de la créature en l'abattant. C'est de là qu'est née l'Académie Rosewood, un endroit censé former les plus grands héros. Cette école d'élite n'accepte que ceux qui ont le plus de potentiel. Arnest Flaming, une jeune fille qui se targue d'avoir les meilleurs résultats de l'académie, est chargée de faire découvrir les lieux à Blade, un nouvel élève qui semble avoir des pouvoirs rivalisant avec les siens.

Itsuka Shido est un jeune lycéen vivant une vie paisible jusqu'à ce qu'une explosion détruise la ville et qu'une jeune fille en armure apparaisse devant lui. Quelques instants après, sa sœur adoptive Kotori, qui est en réalité commandante de l'organisation militaire Ratatoskr, lui apprend que la fille en question est un esprit qui déstabilise l'espace-temps. Le seul moyen d'arrêter cette menace est que Shido utilise son mystérieux pouvoir lui permettant de sceller les pouvoirs d'un esprit dans son corps. Cependant, cette méthode ne fonctionne que si l'esprit l'affectionne et a confiance en lui. Ainsi, l'organisation Ratatoskr va lui proposer sortir avec cet esprit pour gagner sa confiance et son affection.

L'histoire suit deux personnes qui n'auraient jamais du se rencontrer dans le monde du football : Tsukushi Tsukamoto, une personne passionnée sans compétence particulière et Jin Kazama, un génie. A eux deux, ils vont bousculer de manière irréversible l'univers du football.