Le gouvernement japonais a été sauvé de la faillite par un fonds souverain, mais la vie des citoyens ne s'est pas améliorée. Kimimaro, un étudiant boursier, reçoit une étrange invitation pour le "Quartier Financier", une dimension parallèle où les gens mettent leur avenir en garantie dans des batailles appelées "Deals".

Pris au piège dans un labyrinthe lié au temps, le héros doit comprendre des cycles, des anomalies temporelles et des pièges mentaux pour s’échapper. Chaque progression l’oblige à remettre en question le passé, le présent et les choix qu’il croyait avoir déjà faits.

Il y a 10 ans, un tremblement de terre a plongé Tokyo dans le chaos. 70% de la ville a alors été submergée par les eaux. Un collégien de 14 ans, se nommant Ganta Igarashi, s'avère être un survivant de cette terrible catastrophe, mais ne s'en souvient visiblement pas. Un jour comme tous les autres dans la salle de classe du jeune garçon, un homme rouge ayant l'air très énigmatique débarque sans prévenir, et, en arrivant par la fenêtre, il détruit en un rien de temps le lieu, puis tous ceux se trouvant dans celui-ci. A part Ganta, qui, une fois de plus, a survécu. Ce dernier est à présent tout seul... Et comme cela ne suffisait pas, lorsqu'il se réveille dans sa chambre d'hôpital, il se retrouve tout à coup accusé, sans qu'il ne sache pourquoi, et condamné à mort. Lui prétend pourtant n'avoir commis aucun meurtre, cela le bouleverse donc beaucoup, en plus de la perte de tous ses amis. Suite à cela, on finit par emmener Ganta à la prison privée Deadman Wonderland, une prison où les règles se révèlent peu ordinaires, ce qui en fait un endroit assez angoissant. Là-bas, il fera l'étrange rencontre de Shiro, une jeune fille qui a l'air de le connaître depuis longtemps et qui le considère comme un ami. Il découvrira également que depuis la disparition de tous ses proches, il possède un pouvoir inhabituel...

L'histoire suit Inuyashiki Ichirou un vieil homme seulement âgé de 58 ans qui est complétement ignoré et méprisé par sa propre famille malgré tout ce qu'il a fait pour elle. Pour couronner le tout, le médecin vient de lui révéler qu'il avait un cancer et qu'il ne lui restait que trois mois à vivre. Juste quand cela ne pouvait être pire, il perd soudainement la vie à cause des extraterrestres. Il se réveille un peu plus tard, indemne, cependant, il remarque quelque chose de différent à propos de lui.

Dans le but de sauver son frère et son neveu, qui ont été kidnappés par un mystérieux groupe religieux connu sous le nom de Genuine Love Society, Yukawa Juri et sa famille lancent un sort en utilisant une pierre cachée par son grand-père pour entrer dans le monde où le temps est arrêté : Stasis. Toutefois, alors qu'ils infiltrent la base des kidnappeurs, ils rencontrent d'autres personnes qui peuvent bouger librement dans ce monde parallèle. Avec des créatures grotesques qui rôdent, pourront-ils s'échapper de ce monde parallèle et retourner à leur vie normale ?

Les humains ont créé plusieurs histoires. Joie, tristesse, la colère, profondes émotions. Ces histoires qui bouleversent nos émotions et nous fascinent. Si les personnages de ces histoires avaient leurs propres émotions et intentions, serions-nous des existences divines pour les avoir créé ? Notre monde a changé, dans Re:CREATORS, tout le monde devient un Créateur.

À l'intérieur de ces murs, ces enfants vivent dans l'insouciance absolue. Car s'ils devaient sortir, ils entreraient en Enfer. Pourtant, l'un d'eux semble avoir eu une vision : deux humains viendraient les chercher depuis l'extérieur, l'un d'entre eux leur ressemblant étrangement... Pendant ce temps, Maru et sa garde-du-corps tentent de survivre dans un monde désolé peuplé de pillards et de monstres difformes. Leur objectif : atteindre "le paradis".

Afin de terra-former mars, c'est-à-dire la rendre habitable pour l'espèce humaine, des scientifique du XXIè siècle ont envoyé en masse des cafards sur la planète rouge. Leur rôle était alors de fertiliser le sol martien et de purifier l'air. Cinq cent ans plus tard, en 2577, Shôkichi Komaki embarque avec le premier équipage de colons martiens. Leur mission : s'assurer que la planète rouge a bien été terra-formée. Mais à leur arrivée sur mars, ils sont confrontés à une nouvelle espèce, mi-humaine, mi-cafard.

Une gigantesque météorite est entrée en collision avec la Terre. De nombreuses espèces, y compris l'humanité, ont été rayés de la surface de la planète. Le gouvernement japonais, qui avait prévu cette catastrophe, a prit des mesures pour essayer de contrer le pire des scénarios. Le projet "7SEEDS", l'une de ces mesures, comporte cinq groupes de sept jeunes hommes et femmes soigneusement sélectionnés et classés en équipes : printemps, été A, été B, automne et hiver. Chaque participant a ensuite été plongé dans un sommeil cryogénique dans l'espoir de préserver la survie de l'humanité. Lorsque ces hommes et femmes se sont réveillés, ils se sont soudainement retrouvés plongés dans un monde cruel. Bien qu'anéantis par la perte de leurs proches, ils vont commencer à chercher des solutions pour survivre.

L'histoire débute avec un groupe de jeunes filles possédant un pouvoir nommé 'Alice Dream', qui permet de matérialiser leur imagination. Après avoir été découvertes par un laboratoire, elles sont devenues, contre leur gré, des sujets d'expérience. Sana, une de ces filles, dont son pouvoir inclut la capacité d'ignorer les lois de la physique, réussi à s'échapper. Ensuite, elle rencontre Zouroku, un homme assez âgé qui déteste les perturbations dans sa vie quotidienne.