Lucy, une diclonius (génération spontanée de mutants annonçant un événement), est gardée dans un laboratoire de haute sécurité dans lequel des expériences sont réalisées sur ces êtres surhumains. Suite à un accident, elle parvient à s'échapper en tuant sauvagement toute personne entravant son chemin, grâce à ses vecteurs (ce sont des "mains" extrêmement tranchantes, invisibles et d'au moins 2 mètres de long). Une fois à l'extérieur du bâtiment, un garde sniper réussit à la toucher en pleine tête et la fait tomber dans la mer. Le lendemain, Kouta un jeune garçon qui revient dans la ville où il est né, Kamakura, donne un rendez-vous à sa cousine Yuka qu'il n'a pas vu depuis son accident : depuis son enfance. Ils décident alors d'aller à la plage, où ils jouaient quand ils étaient enfants avec la petite sœur de Kouta, Kanae, qui est morte d'une grave maladie. Là-bas, ils rencontrent une jeune fille mystérieuse qui, apparemment, a perdu la mémoire. Sans savoir où elle habite, Kouta et Yuka l'emmènent chez eux et lui donne un nom : Nyu, c'est le seul mot qu'elle arrive a prononcer ! Mais suite à l'évasion qui s'est produite au laboratoire, l'Unité d'Assaut Spécial (S.A.T.) a reçu le feu vert pour éliminer la fugitive, Lucy qui se révèle en réalité être la mystérieuse Nyu...

En 2000, une gigantesque explosion se produit en Antarctique, provoquant un cataclysme (raz-de-marée, fonte des calottes polaires) qui dévaste une grande partie de la planète. Les autorités déclarent que cette catastrophe était due à la chute d'un astéroïde sur la planète. Quinze ans plus tard, l'humanité a surmonté cet événement, appelé le Second Impact. Mais de mystérieuses créatures nommées Anges font leur apparition, et tentent de détruire Tokyo-3, la nouvelle capitale forteresse du Japon, construite après le Second Impact. Pour les combattre, l'organisation secrète NERV a mis au point une arme ultime, l'Evangelion ou l'Eva, robot géant anthropoïde piloté. Shinji Ikari, quatorze ans, se rend à Tokyo-3 sur invitation de son père, qu'il n'a pas revu depuis dix ans. Il est loin de se douter qu'il sera impliqué dans un conflit qui pourrait bien signifier la fin de l'humanité quoi qu'il arrive...

Depuis cent ans, un épais nuage empêche le soleil d'éclairer la Terre. La nuit et l'hiver se prolongèrent à jamais et la plupart des végétaux périrent. L'humanité plaça ses espoirs dans la technique de "transfloraison", consistant à transformer un humain en plante. Bien évidemment, ces opérations sont limitées aux personnes en fin de vie, pour une raison éthique... mais lorsqu'une prime de dix millions de yens est accordée aux volontaires, certains n'hésitent pas à contourner les règles pour s'inscrire sur les listes. Toshiro est l'un d'entre eux : sans aucun avenir et fatigué de la vie, il va choisir de se transformer en plante. Mais cette opération va lui accorder des talents qu'il ne soupçonnait pas !

L'histoire suit Inuyashiki Ichirou un vieil homme seulement âgé de 58 ans qui est complétement ignoré et méprisé par sa propre famille malgré tout ce qu'il a fait pour elle. Pour couronner le tout, le médecin vient de lui révéler qu'il avait un cancer et qu'il ne lui restait que trois mois à vivre. Juste quand cela ne pouvait être pire, il perd soudainement la vie à cause des extraterrestres. Il se réveille un peu plus tard, indemne, cependant, il remarque quelque chose de différent à propos de lui.

Depuis des milliers d'années, l'Homme se trouve au sommet de la chaîne alimentaire. Jusqu'à ce jour où de mystérieuses sphères, abritant d'étranges parasites, se répandent un peu partout sur Terre. Rapidement, les entités prennent possession de certains habitants. Nul ne sait d'où elles viennent, mais ce qui semble certain, c'est qu'elles sont là pour débarrasser le monde de l'espèce humaine. Shinichi, jeune lycéen, est un « hôte » dont le cerveau a miraculeusement été épargné : et pour cause, Migi, son parasite, a pris possession de son bras droit ! Ce cas exceptionnel va déboucher sur une singulière cohabitation. Car au-delà de la fusion physique opérée entre Migi et Shinichi, qui partagent désormais le même corps et la même vie, va se développer un lien d'attachement particulier où les deux êtres vont apprendre chacun l'un de l'autre. Alors que Shinichi se découvre doté d'incroyables facultés physiques, il prend aussi conscience de la menace qui plane sur ses proches... et sur l'humanité tout entière.

Une gigantesque météorite est entrée en collision avec la Terre. De nombreuses espèces, y compris l'humanité, ont été rayés de la surface de la planète. Le gouvernement japonais, qui avait prévu cette catastrophe, a prit des mesures pour essayer de contrer le pire des scénarios. Le projet "7SEEDS", l'une de ces mesures, comporte cinq groupes de sept jeunes hommes et femmes soigneusement sélectionnés et classés en équipes : printemps, été A, été B, automne et hiver. Chaque participant a ensuite été plongé dans un sommeil cryogénique dans l'espoir de préserver la survie de l'humanité. Lorsque ces hommes et femmes se sont réveillés, ils se sont soudainement retrouvés plongés dans un monde cruel. Bien qu'anéantis par la perte de leurs proches, ils vont commencer à chercher des solutions pour survivre.

Japon, an 2035. Grâce au Centre de Recherches en Biotechnologies Kiryû, la médecine a fait de fabuleux progrès au Pays du Soleil Levant. Mais un jour, quelque chose tourne mal et le laboratoire est englouti par une substance "consciente" : la Matière maligne. Cette dernière gagne ensuite la rivière et s'écoule dans toute la région de Kurobe, paralysant toute la zone, avant d'être stoppée juste avant d'atteindre la mer. Une catastrophe sans précédent baptisée le "Burst". Deux ans plus tard, la situation est toujours au point mort car les autorités hésitent entre détruire la Matière par le biais d'une action militaire ou trouver une issue scientifique qui préserverait une partie des avancées médicales. Aiko Tachibana, adolescente grièvement blessée dans un accident juste avant le Burst, vit et étudie à l'hôpital depuis car sa famille fait partie des victimes de la catastrophe. Un jour, elle fait la connaissance de Yûya Kanzaki, un nouvel élève bien mystérieux, qui va lui apprendre qu'elle seule est capable de mettre un terme au Burst.

Dans le monde de l'au-delà existe un lieu, un immense campus, où sont envoyés les adolescents après leur décès. C'est là que se réveille Yuzuru Otonashi après son trépas, mais il n'a pas vraiment le temps de comprendre ce qui lui arrive qu'il est subitement pris dans un feu croisé entre les membres de la Shinda Sekai Sensen (SSS) et Tenshi.

BTOOOM! est un jeu online au succès mondial. Celui-ci consiste à battre l'équipe adverse avec des bombes pour seules armes. Ryouta Sakamoto, 22 ans et sans emploi, est l'un de ces nombreux joueurs qui passent leur temps dessus. Qui plus est, il peut se targuer d'apparemment faire partie des meilleurs. Mais lorsqu'il se réveille sur une île inconnue, loin du confort de sa chambre, la réalité le rattrape vite quand il se rend compte qu'il va devoir jouer à BTOOOM! en vrai, sous peine d'y laisser sa vie.

Le 10 juin 2010 du calendrier impérial, le Nouvel Empire de Britannia a écrasé les forces japonaises et a conquis le pays en moins d'un mois grâce à ses mechas nommés Knightmare. Le Japon a perdu sa liberté et a été renommé Zone 11 tandis que les japonais ont perdu leur identité et sont appelés "Elevens". Ces derniers sont forcés de vivre dans des ghettos tandis que les colons britanniens occupent la majeure partie du territoire. Pourtant, des mouvements rebelles naissent et les nationalistes japonais continuent la lutte pour l'indépendance. Un jeune homme nommé Lelouch s'est juré de détruire l'empire de Britannia depuis que son père, l'empereur lui-même, n'a rien fait pour pourchasser les terroristes qui ont tué sa mère et estropié sa jeune sœur. Sept ans plus tard, lors d'une altercation entre les deux camps, il rencontre un groupe de rebelles Elevens qui ont volé un secret militaire : une mystérieuse jeune fille. En entrant en contact avec elle, Lelouch obtient le Geass, un pouvoir qui lui permet de contrôler la pensée de toutes les personnes qui croisent son regard, mais qui ne fonctionne qu'une seule fois sur chacune d'elles. Grâce à ce pouvoir, Lelouch va pouvoir mener le combats qu'il a toujours voulu contre Brittania et poursuivre ses deux rêves : venger sa mère et créer un monde où sa sœur pourra vivre en paix.