Lucy, une diclonius (génération spontanée de mutants annonçant un événement), est gardée dans un laboratoire de haute sécurité dans lequel des expériences sont réalisées sur ces êtres surhumains. Suite à un accident, elle parvient à s'échapper en tuant sauvagement toute personne entravant son chemin, grâce à ses vecteurs (ce sont des "mains" extrêmement tranchantes, invisibles et d'au moins 2 mètres de long). Une fois à l'extérieur du bâtiment, un garde sniper réussit à la toucher en pleine tête et la fait tomber dans la mer. Le lendemain, Kouta un jeune garçon qui revient dans la ville où il est né, Kamakura, donne un rendez-vous à sa cousine Yuka qu'il n'a pas vu depuis son accident : depuis son enfance. Ils décident alors d'aller à la plage, où ils jouaient quand ils étaient enfants avec la petite sœur de Kouta, Kanae, qui est morte d'une grave maladie. Là-bas, ils rencontrent une jeune fille mystérieuse qui, apparemment, a perdu la mémoire. Sans savoir où elle habite, Kouta et Yuka l'emmènent chez eux et lui donne un nom : Nyu, c'est le seul mot qu'elle arrive a prononcer ! Mais suite à l'évasion qui s'est produite au laboratoire, l'Unité d'Assaut Spécial (S.A.T.) a reçu le feu vert pour éliminer la fugitive, Lucy qui se révèle en réalité être la mystérieuse Nyu...

L'histoire se passe en l'an 2019, 31 ans après la troisième guerre mondiale. Les autorités de la ville de Neo-Tokyo mènent une lutte interminable contre les rebelles des "underground" qui dominent la ville. Alors qu'un gang de motards dont le leader est Kaneda passe son temps à se battre contre d'autres rebelles, Tetsuo, un membre du groupe, a un accident avec un enfant aux pouvoirs mentaux incroyables. Le gang de Kaneda est alors impliqué dans une affaire top secrète, tous sont emprisonnés puis relâchés par la suite, excepté Tetsuo qui subit diverses analyses et expérimentations. L'accident a déclenché chez Tetsuo l'apparition de pouvoirs psychiques très puissants. Il est alors pris d'assaut par l'armée mais il est décidé à tout ravager autour de lui, il veut se venger de la société pour l'avoir toujours considéré comme un être faible...

Dans le monde de l'au-delà existe un lieu, un immense campus, où sont envoyés les adolescents après leur décès. C'est là que se réveille Yuzuru Otonashi après son trépas, mais il n'a pas vraiment le temps de comprendre ce qui lui arrive qu'il est subitement pris dans un feu croisé entre les membres de la Shinda Sekai Sensen (SSS) et Tenshi.

Saya Kisaragi est une jeune fille somme toute ordinaire vivant avec son père Tadayoshi, prêtre d'un temple shintoïste. Elle va au lycée, a des amis et est une incurable gloutonne, mais lorsque son devoir l'appelle, celle-ci part combattre des créatures appelées les Âgés (ou Anciens) avec l'épée sacrée qui se transmet dans sa famille. Cependant cet équilibre entre ses deux vies est petit à petit bouleversé lorsque son devoir rattrape son quotidien.

BTOOOM! est un jeu online au succès mondial. Celui-ci consiste à battre l'équipe adverse avec des bombes pour seules armes. Ryouta Sakamoto, 22 ans et sans emploi, est l'un de ces nombreux joueurs qui passent leur temps dessus. Qui plus est, il peut se targuer d'apparemment faire partie des meilleurs. Mais lorsqu'il se réveille sur une île inconnue, loin du confort de sa chambre, la réalité le rattrape vite quand il se rend compte qu'il va devoir jouer à BTOOOM! en vrai, sous peine d'y laisser sa vie.

L'histoire retrace les aventures de Trevor Belmont qui combat le vampire Vlad Dracula Tepes. Ce vampire, après la mise à mort de sa femme au bûcher, décide pour se venger d'exterminer l'espèce humaine.

Le 10 juin 2010 du calendrier impérial, le Nouvel Empire de Britannia a écrasé les forces japonaises et a conquis le pays en moins d'un mois grâce à ses mechas nommés Knightmare. Le Japon a perdu sa liberté et a été renommé Zone 11 tandis que les japonais ont perdu leur identité et sont appelés "Elevens". Ces derniers sont forcés de vivre dans des ghettos tandis que les colons britanniens occupent la majeure partie du territoire. Pourtant, des mouvements rebelles naissent et les nationalistes japonais continuent la lutte pour l'indépendance. Un jeune homme nommé Lelouch s'est juré de détruire l'empire de Britannia depuis que son père, l'empereur lui-même, n'a rien fait pour pourchasser les terroristes qui ont tué sa mère et estropié sa jeune sœur. Sept ans plus tard, lors d'une altercation entre les deux camps, il rencontre un groupe de rebelles Elevens qui ont volé un secret militaire : une mystérieuse jeune fille. En entrant en contact avec elle, Lelouch obtient le Geass, un pouvoir qui lui permet de contrôler la pensée de toutes les personnes qui croisent son regard, mais qui ne fonctionne qu'une seule fois sur chacune d'elles. Grâce à ce pouvoir, Lelouch va pouvoir mener le combats qu'il a toujours voulu contre Brittania et poursuivre ses deux rêves : venger sa mère et créer un monde où sa sœur pourra vivre en paix.

Itsuka Shido est un jeune lycéen vivant une vie paisible jusqu'à ce qu'une explosion détruise la ville et qu'une jeune fille en armure apparaisse devant lui. Quelques instants après, sa sœur adoptive Kotori, qui est en réalité commandante de l'organisation militaire Ratatoskr, lui apprend que la fille en question est un esprit qui déstabilise l'espace-temps. Le seul moyen d'arrêter cette menace est que Shido utilise son mystérieux pouvoir lui permettant de sceller les pouvoirs d'un esprit dans son corps. Cependant, cette méthode ne fonctionne que si l'esprit l'affectionne et a confiance en lui. Ainsi, l'organisation Ratatoskr va lui proposer sortir avec cet esprit pour gagner sa confiance et son affection.

Il y a 10 ans, un tremblement de terre a plongé Tokyo dans le chaos. 70% de la ville a alors été submergée par les eaux. Un collégien de 14 ans, se nommant Ganta Igarashi, s'avère être un survivant de cette terrible catastrophe, mais ne s'en souvient visiblement pas. Un jour comme tous les autres dans la salle de classe du jeune garçon, un homme rouge ayant l'air très énigmatique débarque sans prévenir, et, en arrivant par la fenêtre, il détruit en un rien de temps le lieu, puis tous ceux se trouvant dans celui-ci. A part Ganta, qui, une fois de plus, a survécu. Ce dernier est à présent tout seul... Et comme cela ne suffisait pas, lorsqu'il se réveille dans sa chambre d'hôpital, il se retrouve tout à coup accusé, sans qu'il ne sache pourquoi, et condamné à mort. Lui prétend pourtant n'avoir commis aucun meurtre, cela le bouleverse donc beaucoup, en plus de la perte de tous ses amis. Suite à cela, on finit par emmener Ganta à la prison privée Deadman Wonderland, une prison où les règles se révèlent peu ordinaires, ce qui en fait un endroit assez angoissant. Là-bas, il fera l'étrange rencontre de Shiro, une jeune fille qui a l'air de le connaître depuis longtemps et qui le considère comme un ami. Il découvrira également que depuis la disparition de tous ses proches, il possède un pouvoir inhabituel...

Nasu, loser notoire vivant chez sa mère alcoolique, travaille comme véritable larbin dans une supérette. Son seul plaisir dans la vie est d'encourager Misaki Kanzaki, petite idole d'un groupe sans grand succès, à travers son casque de réalité virtuelle. Mais à la suite d'un accident aussi tragique qu'extraordinaire, il se retrouve capable de "posséder" n'importe quel système électrique... "N" décide d'utiliser ce pouvoir afin d'éliminer tous ceux qui seront sur le chemin de Misaki ! La police fait alors appel à deux frères médiums pour traquer ce tueur en série omnipotent.