C'est l'histoire de Lain une fille un peu étrange et à l'écart à l'école. Une élève de sa classe se suicide et toute la classe commence a recevoir des mails étrange de cette fille, alors qu'elle est morte. Lain décide d'enquêter sur le net après avoir reçut un mail de cette fille, disant avoir rencontré Dieu sur le net. Commence pour elle un voyage dans le monde des hackers et du réseau, à la recherche de l'existence de Dieu et d'elle-même.

Duo connu de détectives, Yuuki Shinjurou et Inga ne se lassent pas de résoudre des énigmes. L'un est surnommé "Le Dernier Grand Détective", notamment grâce à son intelligence. L'autre ne fait que l'aider dans ses réflexions. Ils n'ont jamais perdu face aux différents mystères. C'est ce qu'ils souhaiteraient croire et faire croire aux autres, néanmoins rien de tout cela n'est vrai... En tout cas, ce qui est certain, c'est qu'ils ont souvent affaire à des surprises au cours de leurs enquêtes!

Un étrange champ de force d'origine inconnue s'est dressé autour de Tokyo il y a dix ans. On l'appelle 'la porte des enfers' (Hell's gate). La semaine suivant cette apparition, la police découvre l'existence d'êtres surnaturels : les Contractors, êtres d'apparence humaine possédant des pouvoirs surhumains, et les Dolls, générés par un programme. Pour n'éveiller aucune panique de la part des habitants de Tokyo, une section, la 'quatrième section des Affaires Étrangères', dont fait partie l'agent Kirihara Misaki, s'occupe d'effacer la mémoire de tout habitant entrant en contact avec un Contractor. Une scientifique du nom de Shinoda Chiaki ayant fait une thèse à propos de la porte se retrouve poursuivie par la police qui veut lui effacer la mémoire. Elle rencontre alors Li, un chinois qui vient d'emménager à Tokyo, qui la protège des Contractors et de la police. Cet homme semble lié à un homme mystérieux vouant une haine plus sombre que le noir aux Contractors.

Il y a 10 ans, un tremblement de terre a plongé Tokyo dans le chaos. 70% de la ville a alors été submergée par les eaux. Un collégien de 14 ans, se nommant Ganta Igarashi, s'avère être un survivant de cette terrible catastrophe, mais ne s'en souvient visiblement pas. Un jour comme tous les autres dans la salle de classe du jeune garçon, un homme rouge ayant l'air très énigmatique débarque sans prévenir, et, en arrivant par la fenêtre, il détruit en un rien de temps le lieu, puis tous ceux se trouvant dans celui-ci. A part Ganta, qui, une fois de plus, a survécu. Ce dernier est à présent tout seul... Et comme cela ne suffisait pas, lorsqu'il se réveille dans sa chambre d'hôpital, il se retrouve tout à coup accusé, sans qu'il ne sache pourquoi, et condamné à mort. Lui prétend pourtant n'avoir commis aucun meurtre, cela le bouleverse donc beaucoup, en plus de la perte de tous ses amis. Suite à cela, on finit par emmener Ganta à la prison privée Deadman Wonderland, une prison où les règles se révèlent peu ordinaires, ce qui en fait un endroit assez angoissant. Là-bas, il fera l'étrange rencontre de Shiro, une jeune fille qui a l'air de le connaître depuis longtemps et qui le considère comme un ami. Il découvrira également que depuis la disparition de tous ses proches, il possède un pouvoir inhabituel...

L'histoire se déroule au Japon mille ans après notre ère. Cinq enfants, Saki, Satoru, Maria, Mamoru, et Shun sont nés et ont grandi dans une petite ville tranquille qui peut être décrite comme une utopie. Le monde est gouverné par des gens qui ont la puissance des dieux. Après un certain incident, Saki et les autres réalisent la vraie nature de leur monde. Les cinq enfants se lancent dans une aventure dangereuse pour protéger leurs amis et tout un monde qui est sur le point de s'effondrer.

Mélangeant fantastique, écologie et Japon traditionnel, Mushishi est une suite d'histoires dans lesquelles le héros, Ginko, enquête sur différentes affaires plus ou moins étranges liées aux Mushi, une forme de vie primitive à l'origine de toutes les autres formes de vies. Leurs existence et apparences sont inconnues en général par les hommes... Seuls un nombre limité d'humains savent des choses à leur sujet et c'est le cas de Ginko qui est donc un "Mushishi" ! Il voyage un peu partout pour en apprendre toujours plus sur les Mushi et aide par la même occasion des personnes confrontées à des problèmes surnaturels en rapport avec les Mushi...

Lost. Un évènement dramatique ayant frappé la baie de Tokyo : en quelques minutes, un pan entier de la ville et tout ceux qui s'y trouvaient disparurent sans laisser la moindre trace. Yuki est l'une des rares survivantes de la catastrophe mais elle a depuis tout perdu : sa famille et sa liberté. En effet, elle est devenu un sujet d'expérimentation pour un mystérieux laboratoire et a peu à peu perdu goût à la vie. Un jour, elle est secourue par le mystérieux Takuya qui, avec elle, va tenter de comprendre les réelles causes de cette catastrophe sans précédent.

La ville de Lux est en proie à une guerre intestine entre 3 clans : l'Organo, l'Alliance, et le Rakan. Tous luttent pour le contrôle de la rafia (plante servant à la "texhnolyzation"). Ichise, un boxeur et personnage principal de l'histoire, se verra amputer d'un bras et d'une jambe pour avoir désobéi à ses maîtres. Laissé pour mort, il sera "texhnolyzé" (technologie qui remplace les membres perdus en les connectant au système nerveux) par une jeune scientifique. Mais Ichise, ne supportant pas la greffe, s'enfuira... Dans un même temps, un mysterieux individu (Yoshii) arrive en ville et observe ce qu'il s'y passe. Il rencontrera Ran, une fille capable de voir le futur proche. Inexorablement, les routes d'Ichise et Yoshii finiront par se croiser...

Une gigantesque météorite est entrée en collision avec la Terre. De nombreuses espèces, y compris l'humanité, ont été rayés de la surface de la planète. Le gouvernement japonais, qui avait prévu cette catastrophe, a prit des mesures pour essayer de contrer le pire des scénarios. Le projet "7SEEDS", l'une de ces mesures, comporte cinq groupes de sept jeunes hommes et femmes soigneusement sélectionnés et classés en équipes : printemps, été A, été B, automne et hiver. Chaque participant a ensuite été plongé dans un sommeil cryogénique dans l'espoir de préserver la survie de l'humanité. Lorsque ces hommes et femmes se sont réveillés, ils se sont soudainement retrouvés plongés dans un monde cruel. Bien qu'anéantis par la perte de leurs proches, ils vont commencer à chercher des solutions pour survivre.

Saya Kisaragi est une jeune fille somme toute ordinaire vivant avec son père Tadayoshi, prêtre d'un temple shintoïste. Elle va au lycée, a des amis et est une incurable gloutonne, mais lorsque son devoir l'appelle, celle-ci part combattre des créatures appelées les Âgés (ou Anciens) avec l'épée sacrée qui se transmet dans sa famille. Cependant cet équilibre entre ses deux vies est petit à petit bouleversé lorsque son devoir rattrape son quotidien.