1969 : Un groupe d'enfants se retrouve régulièrement dans une base secrète ; sous l'impulsion de Kenji Endô, les enfants inventent une histoire de science-fiction racontant la destruction de l'humanité par une organisation maléfique à laquelle ils s'opposaient pour finir par devenir les sauveurs du monde. Ils consignent cette histoire dans un Cahier de Prédictions. 1997 : Kenji dirige depuis un convini et porte constamment sur le dos le bébé que sa sœur lui a confié avant de disparaître mystérieusement. La mort d'un ami d'enfance va réunir la bande de copains qui, lorsqu'ils avaient dix ans, construisaient le monde avec des yeux d'enfants. Ami, le gourou d'une secte, va croiser le chemin de nos amis sans raison apparente... mais pourtant il semble être en étroite relation avec leur passé...

L'histoire se déroule aux États-Unis, en pleine prohibition. La mafia est alors une puissante organisation à laquelle il ne vaut mieux pas se frotter. Pourtant, Avilio décide d'affronter cette organisation gigantesque dans le seul et unique but de venger sa famille assassinée. Sa cible ? Le groupe pour lequel travaillait son père autrefois.

Kanto et Kansai, deux régions adjacentes, se sont autrefois déchirées à l'occasion d'une guerre particulièrement violente. Le conflit prit fin lorsqu'une bombe fût lâchée sur Kansai, créant un dôme infranchissable autour de la région. Désormais, le seul moyen de quitter les lieux est d'emprunter le Shinkansen, devenu un objet sacré et révéré à Kansai. Coupée du monde, affaiblie par la guerre, la région de Kansai est progressivement devenue une zone de non-droit où les criminels, surnommés Akudama, prolifèrent. Un jour, alors qu'elle est au commissariat à la suite d'une erreur judiciaire, une citoyenne ordinaire est entrainée bien malgré elle par un groupe d'Akudama. Leur but ? Attaquer le Shinkansen et récupérer un coffre-fort qui s'y trouve.

L'histoire débute avec un groupe de jeunes filles possédant un pouvoir nommé 'Alice Dream', qui permet de matérialiser leur imagination. Après avoir été découvertes par un laboratoire, elles sont devenues, contre leur gré, des sujets d'expérience. Sana, une de ces filles, dont son pouvoir inclut la capacité d'ignorer les lois de la physique, réussi à s'échapper. Ensuite, elle rencontre Zouroku, un homme assez âgé qui déteste les perturbations dans sa vie quotidienne.

Le gouvernement japonais a été sauvé de la faillite par un fonds souverain, mais la vie des citoyens ne s'est pas améliorée. Kimimaro, un étudiant boursier, reçoit une étrange invitation pour le "Quartier Financier", une dimension parallèle où les gens mettent leur avenir en garantie dans des batailles appelées "Deals".

L'histoire se passe dans l'académie Kibôgamine, où seuls les meilleurs dans différents domaines sont acceptés. Chacun d'entre eux obtient un titre de niveau super lycée lié à leur spécialité. Cependant, chaque année, un élève moyen est accepté. C'est là que Makoto Naegi, le chanceux de niveau super lycée de cette année, se met à rencontrer les nouveaux super lycéens. Les voilà enfermés dans cette école par un ours noir et blanc appelé Monokuma. Ils apprennent qu'ils ne pourront sortir qu'en obtenant leur diplôme. Pour cela, un élève doit commettre un meurtre et ne jamais être démasqué. Si celui-ci réussit le meurtre parfait, les autres élèves seront condamnés à mort et lui seul pourra quitter l'école. Mais dans le cas contraire, le meurtrier recevra un châtiment pour avoir perturbé l'ordre public de la classe.

Il y a 10 ans, un tremblement de terre a plongé Tokyo dans le chaos. 70% de la ville a alors été submergée par les eaux. Un collégien de 14 ans, se nommant Ganta Igarashi, s'avère être un survivant de cette terrible catastrophe, mais ne s'en souvient visiblement pas. Un jour comme tous les autres dans la salle de classe du jeune garçon, un homme rouge ayant l'air très énigmatique débarque sans prévenir, et, en arrivant par la fenêtre, il détruit en un rien de temps le lieu, puis tous ceux se trouvant dans celui-ci. A part Ganta, qui, une fois de plus, a survécu. Ce dernier est à présent tout seul... Et comme cela ne suffisait pas, lorsqu'il se réveille dans sa chambre d'hôpital, il se retrouve tout à coup accusé, sans qu'il ne sache pourquoi, et condamné à mort. Lui prétend pourtant n'avoir commis aucun meurtre, cela le bouleverse donc beaucoup, en plus de la perte de tous ses amis. Suite à cela, on finit par emmener Ganta à la prison privée Deadman Wonderland, une prison où les règles se révèlent peu ordinaires, ce qui en fait un endroit assez angoissant. Là-bas, il fera l'étrange rencontre de Shiro, une jeune fille qui a l'air de le connaître depuis longtemps et qui le considère comme un ami. Il découvrira également que depuis la disparition de tous ses proches, il possède un pouvoir inhabituel...

Dans la ville de Fuuto, les criminels utilisent des dispositifs de type USB appelés Gaia Memories leur permettant de se transformer en monstres surpuissant appelés Dopants, faisant des ravages dans la ville. Cependant, il existe des héros qui utilisent les mêmes dispositifs pour combattre ces criminels, dont le détective et dur à cuire Shoutarou Hidari. Avec son partenaire spirituel Philip, les deux se transforment en Kamen Rider W, le héros légendaire de la ville de Fuuto. Après la chute du Musée, les organisations responsables des crimes, de la production et de la distribution de Gaia Memories ont cessés leurs activités. Cependant, les restes de Gaia Memories sont vendus sur le marché noir à des prix élevés. Ainsi, les deux héros de l'Agence Narumi reçoivent de plus en plus de clients qui prétendent faire l'expérience de phénomènes surnaturels. Sachant que la nature de la tâche est difficile, Kamen Rider W promet que ceux qui ont blessés la ville de Fuuto compteront leurs péchés.

L'Académie privée Hyakkaô est une école très particulière. Les élèves ne sont pas notés de la même manière que le reste du monde mais sur leur aptitudes aux jeux de hasard. L'élite en haut du panier a droit aux meilleurs privilèges, alors que celle du bas du panier est condamnée à être esclave. C'est notamment le cas de Suzui, mauvais aux jeux, qui se retrouve à obéir à Mary Saotome, une élève sadique qui aime écraser ses adversaires. Le quotidien de Suzui va alors changer lorsqu'il va faire visiter l'école à une nouvelle camarade : Yumeko Jyabami. Mary, quant à elle, décide de rapidement dépouiller la jeune fille à l'apparence candide au shifumi. Mais Yumeko a plus d'une carte dans sa manche...

Shûichi Kagaya, un lycéen jusqu'ici sans histoires devient subitement capable de se transformer en un gigantesque "monstre" aux capacités hors normes. Il sauve ainsi la vie de Claire coincée dans une maison en feu. Mais Claire découvre son secret et également qu'elle a la possibilité de se faufiler, par le biais d'une fermeture éclair, dans la mascotte incarnée par Shuîchi. Et si Shuîchi n'était pas le seul dans ce cas !? Qu'est-ce qui attend ces deux lycéens désormais liés par le destin !? Leur plus grand combats est sur le point de commencer !! Ne faisons plus qu'un... à la vie, à la mort !