Il y a 107 ans, les Titans ont presque exterminé la race humaine. Ces Titans mesurent principalement une dizaine de mètres et ils se nourrissent d'humains. Les humains ayant survécus à cette extermination ont construit une cité fortifiée avec des murs d'enceinte de 50 mètres de haut pour pouvoir se protéger des Titans. Pendant 100 ans les humains ont connu la paix. Eren est un jeune garçon qui rêve de sortir de la ville pour explorer le monde extérieur. Il mène une vie paisible avec ses parents et sa sœur Mikasa dans le district de Shiganshina. Mais un jour de l'année 845, un Titan de plus de 60 mètres de haut apparaît. Il démolit une partie du mur du district de Shiganshina et provoque une invasion de Titans. Eren verra sa mère se faire dévorer sous ses yeux sans rien pouvoir faire. Il décidera après ces événements traumatisants de s'engager dans les forces militaires de la ville avec pour but d'exterminer tous les Titans qui existent.

Juin 1983. Hinamizawa est une petite ville d'apparence paisible de la campagne japonaise où le personnage principal, Keiichi Maebara, vient emménager avec sa famille. Il va très vite se lier avec quatre de ses camarades de classe, quatre jeunes filles nommées Rena Ryug?, Mion Sonozaki, Rika Furude, et Satoko H?j?, qui l'acceptent dans leur club d'amateurs de jeux de société. Leur bonne entente commence toutefois à se détériorer quand Keiichi apprend petit à petit certains éléments de l'histoire récente du village. Tout débute apparemment par un meurtre horrible commis quatre ans auparavant suivi d'une série de mystérieuses disparitions, mais ces faits sont passés sous silence. Pire, il semblerait que les amies de Keiichi aient été mêlées à ces événements ! Après le festival de Watanagashi, célébrant une déité locale, Oyashiro, de nouvelles énigmes apparaissent...

Un mystérieux livre de magie chinoise découvert dans une vieille librairie... la curiosité... Une mauvaise période... pourquoi ne pas tenter ce rituel supposé améliorer la chance ? C'est alors que Zhou Mingrui fait un bond dans le temps et se retrouve projeté dans la peau de Klein Moretti, dans un monde alternatif de l'époque victorienne. Mais pourquoi cette horrible blessure à sa tempe ? Il manque une balle dans le revolver trouvé sur le bureau de sa chambre et un mystérieux carnet est là, ouvert sur ces quelques mots : "nous allons tous mourir..." Son hôte, étudiant en histoire et en archéologie, se serait-il suicidé ? Aurait-il mis le doigt sur un secret qu'il n'était pas censé connaître ? Deux morts mystérieuses... une étrange cartomancienne... des cartes de Tarot... Zhou doit comprendre s'il veut pouvoir retourner à son époque. De fil en aiguille, le voilà embringué dans une mystérieuse organisation, les Nighthawks, où il découvre l'existence de gens peu ordinaires, les Beyonders. Devenir Beyonder, c'est acquérir des pouvoirs surnaturels, mais voilà : cela n'est pas sans risque puisqu'une fois les potions consommées et durant le temps d'assimilation, les entités du mal peuvent vous rendre fou. Zhou découvre alors que le rituel puisé dans son livre de magie lui donne accès à un monde mystérieux... Un monde où il devient le Fou, figure du tarot aux potentiels illimités.

Tokyo est devenue une ville cruelle et impitoyable, un endroit où des créatures vicieuses appelées «goules» existent aux côtés des humains. Les habitants de cette grande métropole vivent dans la peur constante de ces sauvages sanguinaires et de leur soif de chair humaine. Cependant, la plus grande menace que ces goules posent est leur capacité dangereuse à se faire passer pour des humains et de se fondre dans la société. L'histoire suit Ken Kaneki, un étudiant universitaire timide qui est immédiatement attiré par Rize Kamishiro, une lectrice avide comme lui. Cependant, Rize n'est pas exactement ce qu'elle pretend être. Durant un rendez-vous, elle manque de tuer Kaneki en lui dévoilant sa nature de goule. Il survit grâce aux organes de Rize, greffés à la place de ceux qu'elle avait détruit en l'attaquant. Le jeune homme est désormais un hybride, mi-humain, mi-goule et va vivre un véritable enfer.

En 1986, Kinzô Ushiromiya, à la tête de la famille Ushiromiya, étant mourant, décide d'inviter les onze membres de sa famille à se rendre sur l'île privée de Rokkenjima afin de se décider sur le déroulement de son héritage. Sur cette île se trouve également cinq serviteurs, ainsi que le physicien de M. Ushiromiya. Cependant, une soudaine tempête empêchera les personnes présentes sur l'île de partir. Peu après, les personnages commencent à disparaître mystérieusement.

Saya Kisaragi est une jeune fille somme toute ordinaire vivant avec son père Tadayoshi, prêtre d'un temple shintoïste. Elle va au lycée, a des amis et est une incurable gloutonne, mais lorsque son devoir l'appelle, celle-ci part combattre des créatures appelées les Âgés (ou Anciens) avec l'épée sacrée qui se transmet dans sa famille. Cependant cet équilibre entre ses deux vies est petit à petit bouleversé lorsque son devoir rattrape son quotidien.

Il y a 10 ans, un tremblement de terre a plongé Tokyo dans le chaos. 70% de la ville a alors été submergée par les eaux. Un collégien de 14 ans, se nommant Ganta Igarashi, s'avère être un survivant de cette terrible catastrophe, mais ne s'en souvient visiblement pas. Un jour comme tous les autres dans la salle de classe du jeune garçon, un homme rouge ayant l'air très énigmatique débarque sans prévenir, et, en arrivant par la fenêtre, il détruit en un rien de temps le lieu, puis tous ceux se trouvant dans celui-ci. A part Ganta, qui, une fois de plus, a survécu. Ce dernier est à présent tout seul... Et comme cela ne suffisait pas, lorsqu'il se réveille dans sa chambre d'hôpital, il se retrouve tout à coup accusé, sans qu'il ne sache pourquoi, et condamné à mort. Lui prétend pourtant n'avoir commis aucun meurtre, cela le bouleverse donc beaucoup, en plus de la perte de tous ses amis. Suite à cela, on finit par emmener Ganta à la prison privée Deadman Wonderland, une prison où les règles se révèlent peu ordinaires, ce qui en fait un endroit assez angoissant. Là-bas, il fera l'étrange rencontre de Shiro, une jeune fille qui a l'air de le connaître depuis longtemps et qui le considère comme un ami. Il découvrira également que depuis la disparition de tous ses proches, il possède un pouvoir inhabituel...

Kanoe Yūko est une jeune étudiante, qui, après d'étranges circonstances, est laissée morte à l'intérieur de l'ancien bâtiment de l'académie Seikyou. Des années plus tard, un nouvel étudiant du nom de Niiya Teiichi d'une classe de 1ère année, se perd dans ce vieux bâtiment et rencontre le fantôme de la jeune fille qui l'aide à retrouver son chemin. Malheureusement la jeune fille n'ayant aucun souvenir de sa mort, le jeune Teiichi décide d'ouvrir un club d'enquête pour tenter de découvrir la raison et la cause ainsi que tous les autres mystères qui entourent cette école.

L'histoire se déroule dans Romdeau, une ville futuriste abritée sous un dôme, construit pour protéger la communauté de survivants d'un virus qui sévit à l'extérieur. Dans cette cité, les humains et les robots (autoreivs) coexistent paisiblement. Mais une série de meurtres provoqués par des robots contaminés par le virus Cogito commence à semer le désordre dans le fragile équilibre qui régit la société. Au sommet de tout cela, le gouvernement conduit des expériences secrètes sur une mystérieuse forme de vie humanoïde baptisée Proxy, qui semble être la clef d'un grand pouvoir. La série débute avec la fuite d'un Proxy des laboratoires gouvernementaux.

L'histoire se déroule au Japon mille ans après notre ère. Cinq enfants, Saki, Satoru, Maria, Mamoru, et Shun sont nés et ont grandi dans une petite ville tranquille qui peut être décrite comme une utopie. Le monde est gouverné par des gens qui ont la puissance des dieux. Après un certain incident, Saki et les autres réalisent la vraie nature de leur monde. Les cinq enfants se lancent dans une aventure dangereuse pour protéger leurs amis et tout un monde qui est sur le point de s'effondrer.