Une gigantesque météorite est entrée en collision avec la Terre. De nombreuses espèces, y compris l'humanité, ont été rayés de la surface de la planète. Le gouvernement japonais, qui avait prévu cette catastrophe, a prit des mesures pour essayer de contrer le pire des scénarios. Le projet "7SEEDS", l'une de ces mesures, comporte cinq groupes de sept jeunes hommes et femmes soigneusement sélectionnés et classés en équipes : printemps, été A, été B, automne et hiver. Chaque participant a ensuite été plongé dans un sommeil cryogénique dans l'espoir de préserver la survie de l'humanité. Lorsque ces hommes et femmes se sont réveillés, ils se sont soudainement retrouvés plongés dans un monde cruel. Bien qu'anéantis par la perte de leurs proches, ils vont commencer à chercher des solutions pour survivre.

La République de San Magnolia est un vaste territoire constitué de 85 districts. Constamment attaqué par un Empire voisin et ses mystérieuses armes baptisées "Legion", la République a décidé de contre-attaquer et est finalement parvenue à repousser la menace grâce au développement d'armes similaires. C'est du moins ainsi que sont officiellement présentées les choses. Officiellement, le 86è district n'existe pas. Pourtant, c'est grâce aux combattants qui s'y trouvent, parmi lesquels l'escadron Spearhead, dirigé par Shin et commandé par Lena, que la République a retrouvé un semblant de paix.

L'histoire se déroule dans un univers où la magie et les pouvoirs surnaturels existent et se focalise autour d'un lycéen, Toma Kamijo, qui a le pouvoir d'annuler toutes magies ou pouvoirs. Toma Kamijo va faire la rencontre d'une nonne qui est poursuivie parce qu'elle a dans son cerveau une connaissance interdite...

Les Espers de la Cité Académique sont classés en six différents niveaux. Le niveau "0" regroupe les plus faibles et le niveau "5" les plus forts. Sur plusieurs millions d'Espers résidant à la Cité Académique, seulement sept ont atteint ce niveau "5", parmi eux, le plus fort de cette catégorie se fait appeler Accelerator. Toaru Kagaku no Accelerator suit l'histoire du plus fort des Espers après avoir protégé Last Order au prix d'une grande partie de sa puissance. En récupérant de ces derniers événements, Accelerator a mené une vie relativement calme jusqu'à ce qu'il sauve la vie d'Estelle Rosenthal, une mystérieuse fille possédant une photo de Last Order. Malheureusement, Accelerator se retrouve maintenant plongé dans un nouveau conflit lié à une organisation sinistre appelée Disciplinary Action, qui envisage d'utiliser Last Order pour une mission dangereuse. Maintenant qu'ils sont à la recherche de la jeune fille, il appartient au plus puissant Esper et à son nouveau compagnon de protéger Last Order ainsi que la Cité Académique.

L'histoire se déroule dans un monde où se mêle pouvoir surnaturel et magie. Dans la cité académique comptant pas moins de 2,3 millions d'habitants, 80% sont des étudiants travaillent pour un programme de développement du cerveau humain. Mikoto Misaka est une étudiante de la Cité Scolaire. Cette grande ville universitaire accueille les étudiants pourvus de dons qu'on appelle espers. Ils sont classés par niveau; de 0, absence de don, à 5, les dons les plus puissants. Misaka est la troisième plus puissante des sept niveau 5. Elle contrôle les champs électriques et magnétiques. Cette jeune fille vit dans la partie de l'école la plus réputée de la Cité Scolaire et cohabite avec Kuroko Shirai, esper de niveau 4 qui possède le don de téléportation et faisant partie de Judgment, une organisation qui enquête pour régler les problèmes de la Cité Scolaire. Accompagnées par deux autres amies elles vont tenter de résoudre certains problèmes qui pourraient mettre en danger la cité toute entière.

Japon, an 2035. Grâce au Centre de Recherches en Biotechnologies Kiryû, la médecine a fait de fabuleux progrès au Pays du Soleil Levant. Mais un jour, quelque chose tourne mal et le laboratoire est englouti par une substance "consciente" : la Matière maligne. Cette dernière gagne ensuite la rivière et s'écoule dans toute la région de Kurobe, paralysant toute la zone, avant d'être stoppée juste avant d'atteindre la mer. Une catastrophe sans précédent baptisée le "Burst". Deux ans plus tard, la situation est toujours au point mort car les autorités hésitent entre détruire la Matière par le biais d'une action militaire ou trouver une issue scientifique qui préserverait une partie des avancées médicales. Aiko Tachibana, adolescente grièvement blessée dans un accident juste avant le Burst, vit et étudie à l'hôpital depuis car sa famille fait partie des victimes de la catastrophe. Un jour, elle fait la connaissance de Yûya Kanzaki, un nouvel élève bien mystérieux, qui va lui apprendre qu'elle seule est capable de mettre un terme au Burst.

Suite à la mort de son père dans un duel contre un mystérieux personnage, le jeune Afro décida de s'entraîner dur dans le but de le venger. Pour cela il apprendra l'art du maniement du sabre, tout au long de son parcours à la recherche de cet homme, il fera la rencontre de différents individus décidés à lui mettre des bâtons dans les roues ; il règlera ses comptes dans des combats tout aussi sanglants les uns que les autres.

En 2977, la Terre vit dans l'opulence et l'insouciance, oubliant les menaces extérieures. Seul le capitaine corsaire Albator et son équipage à bord de l'Arcadia se dressent contre les Sylvidres, une race d'extraterrestres végétaux qui complotent pour envahir la planète.

En 1972, un étrange portail fonctionnant à base d'Aldnoah et menant à la planète Mars fut découvert sur la Lune. Cette découverte marqua le début de l'installation humaine sur cette planète, notamment grâce à Rayregalia Vers Rayvers, qui se vit confier les secrets de l'Aldnoah. Un secret et un pouvoir transmis à ses descendants. Quelques années plus tard, Mars et la Terre entrent en conflit, provoquant la destruction du portail lunaire et d'une partie du satellite en 1999. Ce phénomène, connu sous le nom de Heaven Fall, mis temporairement fin au conflit. Mais celui-ci est réanimé une quinzaine d'années plus tard lorsque la princesse martienne Asseylum Vers Allusia est victime d'un complot au cours d'une visite diplomatique sur Terre.

L'histoire débute avec un groupe de jeunes filles possédant un pouvoir nommé 'Alice Dream', qui permet de matérialiser leur imagination. Après avoir été découvertes par un laboratoire, elles sont devenues, contre leur gré, des sujets d'expérience. Sana, une de ces filles, dont son pouvoir inclut la capacité d'ignorer les lois de la physique, réussi à s'échapper. Ensuite, elle rencontre Zouroku, un homme assez âgé qui déteste les perturbations dans sa vie quotidienne.