Une gigantesque météorite est entrée en collision avec la Terre. De nombreuses espèces, y compris l'humanité, ont été rayés de la surface de la planète. Le gouvernement japonais, qui avait prévu cette catastrophe, a prit des mesures pour essayer de contrer le pire des scénarios. Le projet "7SEEDS", l'une de ces mesures, comporte cinq groupes de sept jeunes hommes et femmes soigneusement sélectionnés et classés en équipes : printemps, été A, été B, automne et hiver. Chaque participant a ensuite été plongé dans un sommeil cryogénique dans l'espoir de préserver la survie de l'humanité. Lorsque ces hommes et femmes se sont réveillés, ils se sont soudainement retrouvés plongés dans un monde cruel. Bien qu'anéantis par la perte de leurs proches, ils vont commencer à chercher des solutions pour survivre.

L'histoire débute avec un groupe de jeunes filles possédant un pouvoir nommé 'Alice Dream', qui permet de matérialiser leur imagination. Après avoir été découvertes par un laboratoire, elles sont devenues, contre leur gré, des sujets d'expérience. Sana, une de ces filles, dont son pouvoir inclut la capacité d'ignorer les lois de la physique, réussi à s'échapper. Ensuite, elle rencontre Zouroku, un homme assez âgé qui déteste les perturbations dans sa vie quotidienne.

Arknights se déroule dans le monde dystopique de Terra, un monde similaire à la Terre, à l'exception du fait que de nombreux Terriens, ou 'Anciens', possèdent des traits animaliers. Le monde de Terra est constamment ravagé par des catastrophes, forçant ses habitants à adopter une vie de nomade. Ces catastrophes ont apporté avec elles la pandémie connue sous le nom d'Oripathy, une maladie mortelle causée par l'exposition à l'Originium, un minéral cristallin laissé sur place après les catastrophes. Cependant, l'Originium est également à l'origine des Arts, une forme de magie. L'histoire est racontée du point de vue de Rhodes Island, une organisation médicale paramilitaire, dont la mission est de fournir un traitement aux personnes infectées par l'Oripathy. Nous suivons le conflit entre Rhodes Island et Reunion Movement, un acteur non étatique violent dont l'objectif est de créer une vie meilleure pour les Infectés, des individus atteints d'Oripathy, en punissant les responsables de leur sort. C'est dans ce climat que nous suivons 'Docteur', une personne devenue amnésique après s'être réveillée d'un 'long sommeil' au milieu d'une catastrophe.

En l'an 2021, l'humanité est décimée par un virus parasite nommé Gastrea, les habitants vivent constamment dans la peur et le désespoir. Ceux qui sont infectés se transforment en monstres. Les survivants sont alors forcés de vivre dans différentes zones, entourées de murs monolithes créés avec du Varanium, un métal capable de repousser les Gastreas. De cette catastrophe sont nées les « Enfants maudits », des enfants nés avec le virus du Gastrea mais qui sont capables de le contrôler et de vivre avec. Ces derniers développent des capacités spéciales liées au virus. Ainsi, des agences de « Sécurité Civile » sont alors formées pour combattre les Gastreas, chaque groupe est formé d'un Initiator qui est un enfant maudit et d'un Promoter qui le supervise. Dix ans après l'épidémie, en 2031, Rentarō Satomi, un lycéen et Promoter effectue des missions aux côtés de Enju Aihara son Initiator afin de protéger et d'empêcher... la destruction de la zone de Tokyo.

Il y a plus de 1000 ans, sur une planète dévastée par les hommes, est apparu 'Y', un génie qui rebâti entièrement le corps céleste au moyens de rouages et de mécanismes complexes. Depuis lors, elle est connue sous le nom de 'Clockwork Planet' (la Planète Horloge). Naoto Miura, 16 ans, est un adolescent passionné par les mécanismes complexes. Il préfère d'ailleurs les automates aux vivants et tente tant bien que mal de terminer son propre prototype. Un jour, alors qu'il est tranquillement chez lui, un objet semblable à un cercueil de verre tombe du ciel directement dans son salon. A l'intérieur se trouve RyuZU, une mystérieuse automate créée par Y.

2016 : Tokyo est ravagé par l'effondrement d'une centrale nucléaire. 20 ans plus tard, la ville est quasiment déserte et Ibara, Aoi et Taeko, trois lycéennes modifiées génétiquement pour être insensibles aux rayonnements radioactifs, sont envoyées par l'armée dans la capitale pour trouver et secourir d'éventuels survivants.

Un étrange champ de force d'origine inconnue s'est dressé autour de Tokyo il y a dix ans. On l'appelle 'la porte des enfers' (Hell's gate). La semaine suivant cette apparition, la police découvre l'existence d'êtres surnaturels : les Contractors, êtres d'apparence humaine possédant des pouvoirs surhumains, et les Dolls, générés par un programme. Pour n'éveiller aucune panique de la part des habitants de Tokyo, une section, la 'quatrième section des Affaires Étrangères', dont fait partie l'agent Kirihara Misaki, s'occupe d'effacer la mémoire de tout habitant entrant en contact avec un Contractor. Une scientifique du nom de Shinoda Chiaki ayant fait une thèse à propos de la porte se retrouve poursuivie par la police qui veut lui effacer la mémoire. Elle rencontre alors Li, un chinois qui vient d'emménager à Tokyo, qui la protège des Contractors et de la police. Cet homme semble lié à un homme mystérieux vouant une haine plus sombre que le noir aux Contractors.

Il y a 10 ans, un tremblement de terre a plongé Tokyo dans le chaos. 70% de la ville a alors été submergée par les eaux. Un collégien de 14 ans, se nommant Ganta Igarashi, s'avère être un survivant de cette terrible catastrophe, mais ne s'en souvient visiblement pas. Un jour comme tous les autres dans la salle de classe du jeune garçon, un homme rouge ayant l'air très énigmatique débarque sans prévenir, et, en arrivant par la fenêtre, il détruit en un rien de temps le lieu, puis tous ceux se trouvant dans celui-ci. A part Ganta, qui, une fois de plus, a survécu. Ce dernier est à présent tout seul... Et comme cela ne suffisait pas, lorsqu'il se réveille dans sa chambre d'hôpital, il se retrouve tout à coup accusé, sans qu'il ne sache pourquoi, et condamné à mort. Lui prétend pourtant n'avoir commis aucun meurtre, cela le bouleverse donc beaucoup, en plus de la perte de tous ses amis. Suite à cela, on finit par emmener Ganta à la prison privée Deadman Wonderland, une prison où les règles se révèlent peu ordinaires, ce qui en fait un endroit assez angoissant. Là-bas, il fera l'étrange rencontre de Shiro, une jeune fille qui a l'air de le connaître depuis longtemps et qui le considère comme un ami. Il découvrira également que depuis la disparition de tous ses proches, il possède un pouvoir inhabituel...

Il y a plusieurs années, une mystérieuse forme de vie nommée Gadoll a presque exterminée l'humanité. Le reste de l'humanité habite désormais dans Deca-dence, une immense forteresse mouvante de 3000 mètres de haut construite pour faire face à la menace des Gadoll. Les habitants de Deca-dence se divisent en deux catégories : les Gears, des guerriers combatstant quotidiennement les Gadoll et les Tankers, des personnes ne possédant pas les compétences pour se mesurer à ces monstres. Un jour, Natsume, une Tankers qui rêve de devenir une Gears, fait la rencontre de Kaburagi, un réparateur d'armure. L'une est une fille positive qui n'abandonne jamais ses rêves et l'autre un homme réaliste qui a abandonné les siens. Cette rencontre fortuite finira par ébranler le futur de ce monde.

Depuis sa plus tendre enfance, Yukito Urabe est obligé de suivre les préceptes anormaux de la secte créée par son père. Il finit même sacrifié par ce dernier pour rendre grâce à Mitama, la déesse ultime ! Alors qu'il sombre dans les ténèbres, il est mystérieusement réincarné dans un nouveau monde. Et quel monde ! Plus de religions et plus de dieux ! Alléluia! Heureux de ce coup du sort, Yukito se croit débarrassé à jamais du divin jusqu'au jour où...