Une gigantesque météorite est entrée en collision avec la Terre. De nombreuses espèces, y compris l'humanité, ont été rayés de la surface de la planète. Le gouvernement japonais, qui avait prévu cette catastrophe, a prit des mesures pour essayer de contrer le pire des scénarios. Le projet "7SEEDS", l'une de ces mesures, comporte cinq groupes de sept jeunes hommes et femmes soigneusement sélectionnés et classés en équipes : printemps, été A, été B, automne et hiver. Chaque participant a ensuite été plongé dans un sommeil cryogénique dans l'espoir de préserver la survie de l'humanité. Lorsque ces hommes et femmes se sont réveillés, ils se sont soudainement retrouvés plongés dans un monde cruel. Bien qu'anéantis par la perte de leurs proches, ils vont commencer à chercher des solutions pour survivre.

L'histoire débute avec un groupe de jeunes filles possédant un pouvoir nommé 'Alice Dream', qui permet de matérialiser leur imagination. Après avoir été découvertes par un laboratoire, elles sont devenues, contre leur gré, des sujets d'expérience. Sana, une de ces filles, dont son pouvoir inclut la capacité d'ignorer les lois de la physique, réussi à s'échapper. Ensuite, elle rencontre Zouroku, un homme assez âgé qui déteste les perturbations dans sa vie quotidienne.

BTOOOM! est un jeu online au succès mondial. Celui-ci consiste à battre l'équipe adverse avec des bombes pour seules armes. Ryouta Sakamoto, 22 ans et sans emploi, est l'un de ces nombreux joueurs qui passent leur temps dessus. Qui plus est, il peut se targuer d'apparemment faire partie des meilleurs. Mais lorsqu'il se réveille sur une île inconnue, loin du confort de sa chambre, la réalité le rattrape vite quand il se rend compte qu'il va devoir jouer à BTOOOM! en vrai, sous peine d'y laisser sa vie.

2016 : Tokyo est ravagé par l'effondrement d'une centrale nucléaire. 20 ans plus tard, la ville est quasiment déserte et Ibara, Aoi et Taeko, trois lycéennes modifiées génétiquement pour être insensibles aux rayonnements radioactifs, sont envoyées par l'armée dans la capitale pour trouver et secourir d'éventuels survivants.

Sanko Zaha, un ado qui adore les spaghettis, voyage dans les ténèbres de l'espace infini. On raconte que ses os exauceraient n'importe quel souhait. C'est pourquoi les pires malfrats de l'univers veulent lui faire la peau ! Heureusement, toujours accompagné d'Avakian, son fidèle sakadoh, il n'hésitera pas à désosser gaiement tous ses assaillants.

Un étrange champ de force d'origine inconnue s'est dressé autour de Tokyo il y a dix ans. On l'appelle 'la porte des enfers' (Hell's gate). La semaine suivant cette apparition, la police découvre l'existence d'êtres surnaturels : les Contractors, êtres d'apparence humaine possédant des pouvoirs surhumains, et les Dolls, générés par un programme. Pour n'éveiller aucune panique de la part des habitants de Tokyo, une section, la 'quatrième section des Affaires Étrangères', dont fait partie l'agent Kirihara Misaki, s'occupe d'effacer la mémoire de tout habitant entrant en contact avec un Contractor. Une scientifique du nom de Shinoda Chiaki ayant fait une thèse à propos de la porte se retrouve poursuivie par la police qui veut lui effacer la mémoire. Elle rencontre alors Li, un chinois qui vient d'emménager à Tokyo, qui la protège des Contractors et de la police. Cet homme semble lié à un homme mystérieux vouant une haine plus sombre que le noir aux Contractors.

Il y a 10 ans, un tremblement de terre a plongé Tokyo dans le chaos. 70% de la ville a alors été submergée par les eaux. Un collégien de 14 ans, se nommant Ganta Igarashi, s'avère être un survivant de cette terrible catastrophe, mais ne s'en souvient visiblement pas. Un jour comme tous les autres dans la salle de classe du jeune garçon, un homme rouge ayant l'air très énigmatique débarque sans prévenir, et, en arrivant par la fenêtre, il détruit en un rien de temps le lieu, puis tous ceux se trouvant dans celui-ci. A part Ganta, qui, une fois de plus, a survécu. Ce dernier est à présent tout seul... Et comme cela ne suffisait pas, lorsqu'il se réveille dans sa chambre d'hôpital, il se retrouve tout à coup accusé, sans qu'il ne sache pourquoi, et condamné à mort. Lui prétend pourtant n'avoir commis aucun meurtre, cela le bouleverse donc beaucoup, en plus de la perte de tous ses amis. Suite à cela, on finit par emmener Ganta à la prison privée Deadman Wonderland, une prison où les règles se révèlent peu ordinaires, ce qui en fait un endroit assez angoissant. Là-bas, il fera l'étrange rencontre de Shiro, une jeune fille qui a l'air de le connaître depuis longtemps et qui le considère comme un ami. Il découvrira également que depuis la disparition de tous ses proches, il possède un pouvoir inhabituel...

Lucy, une diclonius (génération spontanée de mutants annonçant un événement), est gardée dans un laboratoire de haute sécurité dans lequel des expériences sont réalisées sur ces êtres surhumains. Suite à un accident, elle parvient à s'échapper en tuant sauvagement toute personne entravant son chemin, grâce à ses vecteurs (ce sont des "mains" extrêmement tranchantes, invisibles et d'au moins 2 mètres de long). Une fois à l'extérieur du bâtiment, un garde sniper réussit à la toucher en pleine tête et la fait tomber dans la mer. Le lendemain, Kouta un jeune garçon qui revient dans la ville où il est né, Kamakura, donne un rendez-vous à sa cousine Yuka qu'il n'a pas vu depuis son accident : depuis son enfance. Ils décident alors d'aller à la plage, où ils jouaient quand ils étaient enfants avec la petite sœur de Kouta, Kanae, qui est morte d'une grave maladie. Là-bas, ils rencontrent une jeune fille mystérieuse qui, apparemment, a perdu la mémoire. Sans savoir où elle habite, Kouta et Yuka l'emmènent chez eux et lui donne un nom : Nyu, c'est le seul mot qu'elle arrive a prononcer ! Mais suite à l'évasion qui s'est produite au laboratoire, l'Unité d'Assaut Spécial (S.A.T.) a reçu le feu vert pour éliminer la fugitive, Lucy qui se révèle en réalité être la mystérieuse Nyu...

L'histoire se déroule dans Romdeau, une ville futuriste abritée sous un dôme, construit pour protéger la communauté de survivants d'un virus qui sévit à l'extérieur. Dans cette cité, les humains et les robots (autoreivs) coexistent paisiblement. Mais une série de meurtres provoqués par des robots contaminés par le virus Cogito commence à semer le désordre dans le fragile équilibre qui régit la société. Au sommet de tout cela, le gouvernement conduit des expériences secrètes sur une mystérieuse forme de vie humanoïde baptisée Proxy, qui semble être la clef d'un grand pouvoir. La série débute avec la fuite d'un Proxy des laboratoires gouvernementaux.

Depuis cent ans, un épais nuage empêche le soleil d'éclairer la Terre. La nuit et l'hiver se prolongèrent à jamais et la plupart des végétaux périrent. L'humanité plaça ses espoirs dans la technique de "transfloraison", consistant à transformer un humain en plante. Bien évidemment, ces opérations sont limitées aux personnes en fin de vie, pour une raison éthique... mais lorsqu'une prime de dix millions de yens est accordée aux volontaires, certains n'hésitent pas à contourner les règles pour s'inscrire sur les listes. Toshiro est l'un d'entre eux : sans aucun avenir et fatigué de la vie, il va choisir de se transformer en plante. Mais cette opération va lui accorder des talents qu'il ne soupçonnait pas !