A.D.12,090 dans un monde post-apocalyptique proche de son échéance, vivent les humains et les créatures non humaines. Parmi celles-ci se trouvent les vampires, appelés aussi nobles. Ceux-ci sont les maîtres de la nuit, et pourtant leur nombre ne cesse de décroître. Parallèlement, est apparue une nouvelle caste, celle des hunters. Les hunters sont des chasseurs de primes engagés par les humains pour régler leurs différends avec la population non humaine. Ils sont connus pour leur efficacité comme pour le prix terriblement onéreux de leurs services. Sur un sentier désert traversant des landes battues, D rencontre une jeune fille Doris Lang, fille d'un werewolf hunter. Celle-ci a reçu, durant une de ses chasses aux démons, le baiser d'un noble, Le Comte Magnus Lee. Doris désire engager notre chasseur afin de se défaire de l'emprise de se redoutable vampire, qui pour se distraire de son ennui, fait entrer dans la maison Lee, tous les siècles, une "femme commune" en tant qu'épouse. Cet être se trouve être un ennemi de taille, vieux de 1000 ans, dont la puissance, n'est plus à remettre en cause, puisqu'il est le survivant de la dernière guerre qui décima une majorité de la population sur la planète (humain ou non), et dont les restes des malheureux qui ont succombés, jonchent encore le sol des souterrains du château dans lequel le Comte vit, en compagnie de sa fille Larmica. Cette dernière, fière du sang noble de la maison Lee, ne désire aucunement y voir rentrer une "femme commune"... D aura, cette fois plusieurs obstacles à surmonter pour mener à bien son travail, non seulement empêcher que le Comte enlève la jeune Dorlis au soir du 29ième jour du mois, après la pleine lune sanglante où le sang est considéré impur par les Nobles, mais aussi les désirs assassins de Larmica, qui compte bien ôter la vie à sa future belle-mère avant que son père ait eu le temps de la convertir en vampire... Ce sera sans compter les nombreuses créatures étranges avides de violence et de sang que cachent les tréfonds de la demeure des Lee...

Il y a 10 ans, un tremblement de terre a plongé Tokyo dans le chaos. 70% de la ville a alors été submergée par les eaux. Un collégien de 14 ans, se nommant Ganta Igarashi, s'avère être un survivant de cette terrible catastrophe, mais ne s'en souvient visiblement pas. Un jour comme tous les autres dans la salle de classe du jeune garçon, un homme rouge ayant l'air très énigmatique débarque sans prévenir, et, en arrivant par la fenêtre, il détruit en un rien de temps le lieu, puis tous ceux se trouvant dans celui-ci. A part Ganta, qui, une fois de plus, a survécu. Ce dernier est à présent tout seul... Et comme cela ne suffisait pas, lorsqu'il se réveille dans sa chambre d'hôpital, il se retrouve tout à coup accusé, sans qu'il ne sache pourquoi, et condamné à mort. Lui prétend pourtant n'avoir commis aucun meurtre, cela le bouleverse donc beaucoup, en plus de la perte de tous ses amis. Suite à cela, on finit par emmener Ganta à la prison privée Deadman Wonderland, une prison où les règles se révèlent peu ordinaires, ce qui en fait un endroit assez angoissant. Là-bas, il fera l'étrange rencontre de Shiro, une jeune fille qui a l'air de le connaître depuis longtemps et qui le considère comme un ami. Il découvrira également que depuis la disparition de tous ses proches, il possède un pouvoir inhabituel...

Lucy, une diclonius (génération spontanée de mutants annonçant un événement), est gardée dans un laboratoire de haute sécurité dans lequel des expériences sont réalisées sur ces êtres surhumains. Suite à un accident, elle parvient à s'échapper en tuant sauvagement toute personne entravant son chemin, grâce à ses vecteurs (ce sont des "mains" extrêmement tranchantes, invisibles et d'au moins 2 mètres de long). Une fois à l'extérieur du bâtiment, un garde sniper réussit à la toucher en pleine tête et la fait tomber dans la mer. Le lendemain, Kouta un jeune garçon qui revient dans la ville où il est né, Kamakura, donne un rendez-vous à sa cousine Yuka qu'il n'a pas vu depuis son accident : depuis son enfance. Ils décident alors d'aller à la plage, où ils jouaient quand ils étaient enfants avec la petite sœur de Kouta, Kanae, qui est morte d'une grave maladie. Là-bas, ils rencontrent une jeune fille mystérieuse qui, apparemment, a perdu la mémoire. Sans savoir où elle habite, Kouta et Yuka l'emmènent chez eux et lui donne un nom : Nyu, c'est le seul mot qu'elle arrive a prononcer ! Mais suite à l'évasion qui s'est produite au laboratoire, l'Unité d'Assaut Spécial (S.A.T.) a reçu le feu vert pour éliminer la fugitive, Lucy qui se révèle en réalité être la mystérieuse Nyu...

L'histoire se déroule dans Romdeau, une ville futuriste abritée sous un dôme, construit pour protéger la communauté de survivants d'un virus qui sévit à l'extérieur. Dans cette cité, les humains et les robots (autoreivs) coexistent paisiblement. Mais une série de meurtres provoqués par des robots contaminés par le virus Cogito commence à semer le désordre dans le fragile équilibre qui régit la société. Au sommet de tout cela, le gouvernement conduit des expériences secrètes sur une mystérieuse forme de vie humanoïde baptisée Proxy, qui semble être la clef d'un grand pouvoir. La série débute avec la fuite d'un Proxy des laboratoires gouvernementaux.

Dans le futur, un nouveau traitement psychothérapeutique nommé PT a été inventé. Grâce à une machine, le DC Mini, il est possible de rentrer dans les rêves des patients, et de les enregistrer afin de sonder les tréfonds de la pensée et de l'inconscient. Alors que le processus est toujours dans sa phase de test, l'un des prototypes du DC Mini est volé, créant un vent de panique au sein des scientifiques ayant développé cette petite révolution. Dans de mauvaises mains, une telle invention pourrait effectivement avoir des résultats dévastateurs. Le Dr. Atsuko Chiba, collègue de l'inventeur du DC Mini, le Dr. Tokita, décide, sous l'apparence de sa délurée alter-ego Paprika, de s'aventurer dans le monde des rêves pour découvrir qui s'est emparé du DC Mini et pour quelle raison. Elle découvre que l'assistant du Dr. Tokita, Himuro, a disparu...

Depuis des milliers d'années, l'Homme se trouve au sommet de la chaîne alimentaire. Jusqu'à ce jour où de mystérieuses sphères, abritant d'étranges parasites, se répandent un peu partout sur Terre. Rapidement, les entités prennent possession de certains habitants. Nul ne sait d'où elles viennent, mais ce qui semble certain, c'est qu'elles sont là pour débarrasser le monde de l'espèce humaine. Shinichi, jeune lycéen, est un « hôte » dont le cerveau a miraculeusement été épargné : et pour cause, Migi, son parasite, a pris possession de son bras droit ! Ce cas exceptionnel va déboucher sur une singulière cohabitation. Car au-delà de la fusion physique opérée entre Migi et Shinichi, qui partagent désormais le même corps et la même vie, va se développer un lien d'attachement particulier où les deux êtres vont apprendre chacun l'un de l'autre. Alors que Shinichi se découvre doté d'incroyables facultés physiques, il prend aussi conscience de la menace qui plane sur ses proches... et sur l'humanité tout entière.

C'est l'histoire de Lain une fille un peu étrange et à l'écart à l'école. Une élève de sa classe se suicide et toute la classe commence a recevoir des mails étrange de cette fille, alors qu'elle est morte. Lain décide d'enquêter sur le net après avoir reçut un mail de cette fille, disant avoir rencontré Dieu sur le net. Commence pour elle un voyage dans le monde des hackers et du réseau, à la recherche de l'existence de Dieu et d'elle-même.

Saya Kisaragi est une jeune fille somme toute ordinaire vivant avec son père Tadayoshi, prêtre d'un temple shintoïste. Elle va au lycée, a des amis et est une incurable gloutonne, mais lorsque son devoir l'appelle, celle-ci part combattre des créatures appelées les Âgés (ou Anciens) avec l'épée sacrée qui se transmet dans sa famille. Cependant cet équilibre entre ses deux vies est petit à petit bouleversé lorsque son devoir rattrape son quotidien.

L'histoire retrace les aventures de Trevor Belmont qui combat le vampire Vlad Dracula Tepes. Ce vampire, après la mise à mort de sa femme au bûcher, décide pour se venger d'exterminer l'espèce humaine.

Le 10 juin 2010 du calendrier impérial, le Nouvel Empire de Britannia a écrasé les forces japonaises et a conquis le pays en moins d'un mois grâce à ses mechas nommés Knightmare. Le Japon a perdu sa liberté et a été renommé Zone 11 tandis que les japonais ont perdu leur identité et sont appelés "Elevens". Ces derniers sont forcés de vivre dans des ghettos tandis que les colons britanniens occupent la majeure partie du territoire. Pourtant, des mouvements rebelles naissent et les nationalistes japonais continuent la lutte pour l'indépendance. Un jeune homme nommé Lelouch s'est juré de détruire l'empire de Britannia depuis que son père, l'empereur lui-même, n'a rien fait pour pourchasser les terroristes qui ont tué sa mère et estropié sa jeune sœur. Sept ans plus tard, lors d'une altercation entre les deux camps, il rencontre un groupe de rebelles Elevens qui ont volé un secret militaire : une mystérieuse jeune fille. En entrant en contact avec elle, Lelouch obtient le Geass, un pouvoir qui lui permet de contrôler la pensée de toutes les personnes qui croisent son regard, mais qui ne fonctionne qu'une seule fois sur chacune d'elles. Grâce à ce pouvoir, Lelouch va pouvoir mener le combats qu'il a toujours voulu contre Brittania et poursuivre ses deux rêves : venger sa mère et créer un monde où sa sœur pourra vivre en paix.